[出典] "SCRAMBLER: A Tool for De Novo CRISPR Array Reconstruction and Its Application for Analysis of the Structure of Prokaryotic Populations" Rykachevsky A [..] Severing K, Savitskaya E. CRISPR J. 2021-10-15. https://doi.org/10.1089/crispr.2021.0012
SCRAMBLER: De Novo CRISPRアレイ再構築ツールとその原核生物集団の構造解析への応用
 原核生物のゲノムの中で最も進化の早い部分の一つであるCRISPRアレイは,近縁の原核生物の系統の判別や,原核生物集団内の個々の株を追跡に利用できる.しかし,CRISPRアレイの完全長配列を再現することは依然として課題である.
 Skolkovo Institute of Science and Technology,Institute of Gene Biology, Kurchatov Instituteなどの研究グループは今回,ハイスループットのショートリードシーケンスデータからCRISPRアレイをアセンブルするための複数のパイプラインを含むツールを,機械学習をベースとして開発し,SCRAMBLER (Short-reads CRISPR Assembler)として発表した. 
 SCRAMBLERを,モデル微生物叢(異なるCRISPRアレイを含み複雑さが異なる原核生物集団を模した大腸菌群)と,自然環境の微生物叢 (現存および絶滅した厚皮動物 (pachyderms)の腸マイクロバイオーム)を用いて評価した.モデルデータセットにおいて,スペーサーのペアを含むリードからCRISPRアレイを正しくアセンブルし,標準データと比較したところ,80%以上の精度と60-85%の再現率を示た.同様に,自然環境由来データについても,CRISPRアレイを正しくアセンブルした.
 SCRAMBLERはgithub.com/biolab-tools/SCRAMBLERから公開されている.