[出典] "Systematic decomposition of sequence determinants governing CRISPR/Cas9 specificity" Fu R, He W [..] Xu H. Nat Commun. 2022-01-25. https://doi.org/10.1038/s41467-022-28028-x
CRISPR/Cas9によるゲノム編集の特異性は，ガイドRNA (gRNA)と標的DNAの配列によってほぼ決定されるが，オフターゲット効果に関する配列依存的なルールは十分に理解されていない．
University of Texas MD Anderson Cancer CenterにRice UniversityとDelft University of Technologyが加わった研究グループは今回，CRISPR/Cas9の特異性を決定する配列の要因を系統的に探索するために，13,314個の合成標的配列に対する1,902個のgRNAのオフターゲットとオンターゲットの配列間の相対切断率（オフオン比）を測定するデュアル・ターゲット・システムを構築し [Fig.1 引用右図参照]，オフターゲットに関わる一連の配列ルールを明らかにした．
- ミスマッチのコンテクストに依存しないgRNA内在のミスマッチ寛容性 (guide-intrinsic mismatch tolerance: GMT) [Fig. 2引用右図 a/b参照]
- 多重なミスマッチの組み合わせ効果．この「エピスタシス的効果」は，Rループ形成の自由エネルギーのランドスケープに関連し，また，最近の多状態の動力学的モデルによって説明可能である．
研究グループは，個々のミスマッチの効果，エピスタシス的効果，およびgRNA固有のミスマッチ寛容性を組み合わせて [Fig. 4引用左図 a 参照]，Cas9ゲノム編集が誘導するオフターゲット効果を予測する手法MOFF (a model-based predictor of Cas9-mediated off-target effects)を開発した．さらに，「エピスタシス様」コンビナトリアル効果をベースとして，アレル特異的ゲノム編集の最適化を実現した．
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