[出典] "Anti-CRISPRdb v2.2: an online repository of anti-CRISPR proteins including information on inhibitory mechanisms, activities and neighbors of curated anti-CRISPR proteins" Dong C [..] Gujo F-B. Database 2022-03-04. https://doi.org/10.1093/database/baac010
2017年にAnti-CRISPRdb [*1]を発表した研究グループが今回，そのバージョン2.2を公開した [右図にWebサイトhttp://guolab.whu.edu.cn/anti-CRISPRdbのスクリーンキャプチャを引用]． Anti-CRISPRdb発表後に蓄積されてきた既知のAcrファミリー，タイプ，構造，阻害活性の機構と強度，およびAcrの上流と下流に隣接する配列を加えた．
さらに，AcRanker [*2]の予測結果と正の相関を示すCUBRank (Rank of codon usage bias)と称するパラメータを提案・提供し，Acrになるべきタンパク質の指標として利用可能とした．
CUBRankとAnti-CRISPRdbをベースとする分析から，acrs 遺伝子の起源がウイルスにあることを示唆する結果を得た．
[論文で引用された他のAcrs情報資源と比較表]
- Bondy-Denomyら; Acrsの名前を追跡するGoogleドキュメントBondy-DenomyらはGoogle DriveでGoogleドキュメント(https://tinyurl.com/anti-CRISPR)を共有した[*3]．
- Zhangら: CRISPR-Cas系とAcrsを包括的に収集・調査するための知識ベースであるCRISPRminerを開発した[*4]．
Wangら: 最先端の予測因子を統合し，解析モジュールを組み込んだAcrHubを開発した[*5]．- Huangら: 約19,000の原核生物ゲノムをスキャンして予測されたAcr候補をAcrDBとして公開した[*6]．
- Acrs情報資源の比較表 (Table 1 Feature summaries of Acr resources) を右図に引用
[引用crisp_bio記事]
- CRISPRメモ_2017/09/26 [第3項] Anti-CRISPRタンパク質データベースの構築・公開; “Anti-CRISPRdb: a comprehensive online resource for anti-CRISPR proteins” Dong C 〜 Guo FB. Nucleic Acids Res 2017-09-25. https://doi.org/10.1093/nar/gkx835
- CRISPRメモ_2020/04/16 - 3 [第1項] 機械学習により新たな抗-CRISPR (Acr)タンパク質を推定; "Machine learning predicts new anti-CRISPR proteins" Eitzinger S, Asif A, Watters KE [..] Doudna JA, Minhas FUAA. Nucleic Acids Res 2020-04-14. https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa219
- CRISPRメモ_2018/10/24 - 2 [第1項] Anti-CRISPR (Acr)タンパク質登録・共有データサイト公開
- CRISPRメモ_2018/11/04 [第1項] CRISPRminer: CRISPR-Casシステム知識ベース
- 2020-11-05 AcrHub: anti-CRISPR (Acr)タンパク質の分析, 推定およびマッピングを支援する統合的ハブ．https://crisp-bio.blog.jp/archives/24677473.html
- 2020-10-23 AcrDB: anti-CRISPR(Acr)オペロン39,799件を網羅．https://crisp-bio.blog.jp/archives/24555709.html
コメント