[出典] "Forward Genetic Screens of Human Glycosylation Pathways Using the GlycoGene CRISPR Library" Kelkar A, Groth T, Neelamegham S. Curr Protoc 2022-04-15 https://doi.org/10.1002/cpz1.402
University at Buffalo, State University of New Yorkの研究チームが，Addgeneに登録したGlycoGene CRISPRライブラリーを活用して，任意の細胞種でヒトの糖鎖形成に関与する任意の遺伝子をノックアウトするプロトコルを解説した．
- このプロコルによって，各細胞が1つ以上のsgRNAを含み，対応する機能を欠失した安定したGlycoGene CRISPRノックアウト細胞ライブラリーが得られる．
- この細胞ライブラーによって，様々なレクチン/抗体試薬を用いたスクリーニングや，糖鎖の構造-遺伝子-パスウェイの関係を解析する機能アッセイも可能になる．
[構成]
- 基本プロトコル1：GlycoGene CRISPRプラスミドライブラリのスケールアップとNGS検証
- 基本プロトコル2：GlycoGene CRISPRレンチウイルスプールとCas9ヌクレアーゼを安定発現するアイソジェニック細胞株の調製
- 基本プロトコル3：GlycoGene CRISPR細胞ライブラリの調製，Cas9の自己不活性化，NGSによるライブラリ検証
- 基本プロトコル4：レクチン結合細胞・非結合細胞の濃縮と関連する多重NGSデータ取得
- 基本プロトコル5：In silico パスウェイ解析
[Addgeneエントリーと関連crisp_bio記事]
- Pooled Library #140961: Neelamegham Human GlycoGene CRISPR Library. https://www.addgene.org/pooled-library/neelamegham-glycogene-crispr/
- 2020-08-16 細胞表面のタンパク質と脂質のグリカン生合成解析に有用なGlycoGene CRISPR-Cas9ライブラリー．https://crisp-bio.blog.jp/archives/23904808.html; "A GlycoGene CRISPR-Cas9 lentiviral library to study lectin binding and human glycan biosynthesis pathways" Zhu Y [..] Neelamegham S. Glycobiology 2020-08-08. https://doi.org/10.1093/glycob/cwaa074
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