[出典] REVIEW "Rapid in situ identification of biological specimens via DNA amplicon sequencing using miniaturized laboratory equipment" Pomerantz A, Sahlin K [..] Prost S. Nat Protocol 2022-04-11. https://doi.org/10.1038/s41596-022-00682-x
Natural History Museum (Vienna), LOEWE-Centre for Translational Biodiversity Genomics (Franfurt), およびSouth African National Biodiversity Instituteを兼務するStefan Prostが率いる米国, 英国, スエーデン, スイス, 日本, ドイツの研究グループによるプロトコル論文．
自然環境を破壊する速度が衰えないことから，近年，生物標本の迅速な調査と同定が，ますます重要となっている．その中で，PCRと標準化された遺伝子領域のDNA配列分析を利用したDNAバーコーディングが，分類同定の迅速化に貢献したきた．しかし，生物多様性のホットスポットの多くが，実は，実験室のインフラ，資金，生物試料の輸送の物理的および法的制限によって，DNAバーコーディングを活かすことができない．ここに，低価格で可搬性の高い小型化された科学機器が登場する．
研究グループは，DNAの分離からナノポアシーケンス，下流のデータ解析まで，アンプリコンシーケンスアプリケーションを実行するために必要なプロトコルの概要を説明する．
研究グループは，DNAの分離からナノポアシーケンス，下流のデータ解析まで，アンプリコンシーケンスアプリケーションを実行するために必要なプロトコルの概要を説明する．
このプロトコルによって，サンプルの種類に左右されるところもあるが，インターネットに接続できない環境において，DNA抽出からバイオインフォマティクス解析までを10時間以内に完了し，適切な品質管理のもとで，最新機器を備えたコアゲノム施設 (core gengomic facilites)に依存しないサンプルの検査・同定が可能になる．
[図一覧]
[図一覧]
- Fig.1 野外"実験室"で利用可能な機器の例 https://www.nature.com/articles/s41596-022-00682-x/figures/1
- Fig.2 ウエット実験のステップ https://www.nature.com/articles/s41596-022-00682-x/figures/2
- Fig.3 ドライ実験 (バイオインフォマティクス)のステップ https://www.nature.com/articles/s41596-022-00682-x/figures/3
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