2026-02-21 これまで見逃していた2023年2月16日に発表された重大な修正を以下に記す。またブログ記事のタイトルを「トランスポゾンにコードされたタンパク質 (TnpB)をベースとして，AAVで送達可能な超コンパクトなABEを開発」から「コンパクトなCas12f1バリアントをベースとして, AAVで送達可能な超コンパクトなABEを開発] へと改訂し、タグから「トランスポゾン」を削除し、サムネイルも変更し、テキストの一部も修正した。
[出典] "Author Correction: Hypercompact adenine base editors based on a Cas12f variant guided by engineered RNA" Nat Chem Biol. 2023-02-16/March.
https://www.nature.com/articles/s41589-023-01258-w#citeas[注] 2022-10-15 タイトルのトランスポゾン関連トランスポザーゼをトランスポゾンにコードされたタンパク質に修正；CAST (CRISPR-associated transposon/CRISPR関連トランスポゾン)という用語も使われている。
[出典] "Author Correction: Hypercompact adenine base editors based on a Cas12f variant guided by engineered RNA" Nat Chem Biol. 2023-02-16/March.
https://www.nature.com/articles/s41589-023-01258-w#citeas
著者らの論文に対する２件の投稿 [#1, 2] において、当該研究で使用したヌクレアーゼはTnpBではなく、Un1Cas12f1のバリアントであると指摘された。著者らはこれらの主張を完全に受け入れ、論文本文、図表、拡張データ図、補足情報、および出典データにおいて、「TnpB」を「 由来のUn1Cas12f1（CWCas12f1）のバリアント」に変更した。また、論文タイトルでは「transposase B」を「Cas12f variant」に変更した。さらに、本技術の名称を「Tiny nuclease/augment RNA-based Genome Editing Technology-Adenine Base Editor」に変更し、以前の略称（TaRGET-ABE）はそのまま残した。著者らは、この変更 は命名法の問題にとどまり、以下の４項目にまとめたように本研究の質と意義を損なう可能性は低いと考えている：
- CWCas12f1の塩基編集効率を直接比較したところ、CWCas12f1は従来のUn1Cas12f1（文献4）と比較して有意に高い塩基編集効率を示しました（図2f、拡張データ図4）。
- ヌクレアーゼとデアミナーゼは、TaRGET-ABE-C2.0、3.0、3.1など、異なるABEバージョンを作成するように設計されており、これらを用いることで、配列コンテクストを考慮した特異的かつ柔軟な塩基編集を実現できる。さらに、様々なPAMバリアントにより、この超コンパクトな塩基編集システムの範囲が拡大した。
- このヌクレアーゼは確かにUn1Cas12f1のより長いバリアントであるが、AAV送達を用いたin vivoシステムにおいて、超コンパクトアデニン塩基編集システムの実現可能性を実証した初めての報告である。
- 最後に、ガイドRNA依存性および非依存性のオフターゲット活性に関して、超コンパクト塩基編集システムの特異性について広範な解析を行い、有益な情報を得た。
[＃]
- “Mis-annotation of TnpB: case of TaRGET-ABE” Karvelis T, Siksnys V. Nat Chem Biol. 2023-02-16 https://doi.org/10.1038/s41589-022-01242-w
- “To TnpB or not TnpB? Cas12 is the answer” Yoon PH, Adler BA, Doudna JA. Nat Chem Biol. 2023-02-16. https://doi.org/10.1038/s41589-022-01243-9
2022-10-14 Nature Chemical Biology 誌から査読済み論文として刊行された：
論文タイトルはResearch Squareから改変されているが、TaRGET (TnpB-augmentRNA-based Genome Editing Technology)の開発と評価には特段の変更は内容に見受けられなかった[グラフィカルアブストラクト参照]。
2022-05-06 Research Square 投稿に準拠した初稿
[出典] "AAV-deliverable hypercompact adenine base editors based ontransposase B Cas12f variant guided by engineered RNA" Kim DY [..] Kim YS. Research Square 2022-04-12 [プレプリント]．https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1326630/v1 [著者所属] GenkOre, KRIBB
[論文] "Hypercompact adenine base editors based on transposase BCas12f variant guided by engineered RNA" Kim DY, Chung Y, Lee Y [..] Kim YS. Nat Chem Biol 2022-08-01. https://doi.org/10.1038/s41589-022-01077-5 [著者所属] GenkOre, KRIBB；
[News & Views] "Voyage to minimal base editors" Song B, Bae S. Nat Chem Biol 2022-08-01. https://doi.org/10.1038/s41589-022-01101-8
2022-05-06 Research Square 投稿に準拠した初稿
[出典] "AAV-deliverable hypercompact adenine base editors based on
著者らは今回，Cas12f1の新たなバリアントTnpBをベースに高効率なプログラマブル・エンドヌクレアーゼ活性を有する人工gRNAを開発し，TaRGET (TnpBTiny nuclease/augment RNA-based Genome Editing Technology) と命名し，それを利用したABEを開発した [Figure 1 c引用右図参照]．
このABEにおいて，コドンを最適化したTad-Tad変異体 (V106W, D108Q)と，触媒活性を失活させたCas12f1TnpBであるdTnpBのC末端 (D354A)を融合した二量体 [挿入図のTaRGET-ABE-C1と-C2]が最も高いA-G変換率を示した．
また，TaRGET-ABEでは限定され標的可能領域を，TnpBのいくつかのPAMバリアントの開発と，TnpB Cas12f1バリアントを改変してPAM-遠位部位とPAM-近位部位にそれぞれデアミナーゼを最適化することで拡張した．
AAVで送達したTaRGET-ABEは，ヒト細胞において高いA-to-G変換率を示すことも実証した．
[GenkOre & KRIBBが2021年に発表した関連論文]
- 2021-09-07 コンパクトなCas12f (Cas14a)から，哺乳類細胞でゲノム編集活性を示す超小型システムを導出 (1/2) - 超小型Cas12f1と人工ガイドRNAをアデノ随伴ウイルス (AAV)で送達することで，効率的CRISPR編集を実現; "Efficient CRISPR editing with a hypercompact Cas12f1 and engineered guide RNAs delivered by adeno-associated virus" Kim DY, Lee JM [..] Kim YS. Nat Biotechnol 2021-09-02. https://doi.org/10.1038/s41587-021-01009-z
[トランスポザーゼとCRISPR-Casシステムの協働に関するcrisp_bio記事]
- 2022-08-10 クライオ電顕を介して，CASTのリクルートと統合の詳細な分子機構を明らかに https://crisp-bio.blog.jp/archives/29941134.html；"Mechanistic details of CRISPR-associated transposon recruitment and integration revealed by cryo-EM" Park JU, Tsai AW, Chen TH, Peters JE, Kellogg EH. Proc Natl Acad Sci U S A 2022-08-01. https://doi.org/10.1073/pnas.2202590119
- [20211114更新] CRISPRシステムを伴うトランスポザーゼ'CAST'の構造基盤 https://crisp-bio.blog.jp/archives/26485609.html；"Structural basis for target site selection in RNA-guided DNA transposition systems" Park J-U, Tsai A, Mehrotra E, Petassi MT, Hsieh S-C, Ke A, Peters JE, Kellogg EH. Science 2021-08-13. https://doi.org/10.1126/science.abi8976
- 2021-10-10 トランスポゾンに関連するTnpBは，プログラム可能なRNAガイドDNAエンドヌクレアーゼである；"Transposon-associated TnpB is a programmable RNA-guided DNA endonuclease" Karvells T [..] Siksnys V. Nature. 2021-10-07. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04058-1
- [20200628更新] CAST: Cas12kとトランスポザーゼの協働によりドナーDNAを効率よくノックイン；"RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases" Strecker J [..] Zhang F. Science 2019-06-06 https://dx.doi.org/10.1126/science.aax9181
- 2019-06-13 短縮型I-F CRISPR-Casを帯びたトランスポゾンにより、DSBを介さず大腸菌ゲノム標的サイトにDNAをノックイン；"Transposon-encoded CRISPR–Cas systems direct RNA-guided DNA integration" Klompe SE, PLH Vo, Halpin-Healy TS, Sternberg SH. Nature 2019-06-12. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1323-z
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