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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト: 主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[出典] REVIEW "Dynamics and mechanisms of CRISPR-Cas9 through the lens of computational methods" Saha A, Arantes PR, Palermo G. Curr Opin Struct Biol 2022-06-08. https://doi.org/10.1016/j.sbi.2022.102400 [著者所属] University of California Riverside
 著者らは,CRISPR-Cas9ゲノム編集革命における最先端の計算科学の貢献について,クライオ電顕によるCas9およびその複合体の構造再構成における大量データの高速処理からCasヌクレアーゼなどに見られる大規模な構造変化の高精度なシミュレーションまでを,概観した:
  • 分子動力学シミュレーションによりCRISPR-Cas9のコンフォメーション変化の機序が明らかにされた.
  • CRISPR-Cas9の活性化状態のシミュレーション結果が,後に,クライオ電顕法で再構成された構造と一致した.
  • シミュレーションの結果,Cas9のオフターゲットDNAへの結合のメカニズムが明らかされた.
  • グラフ理論からCas9におけるアロステリック反応の機序が明らかにされた.
  • Ab-initio シミュレーションからDNA切断の触媒機構が明らかにされた.
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