[出典] REVIEW "mRNAs, Proteins and the emerging principles of gene expression control" Buccitelli C, Selbach M. Nat Rev Genet 2020-07-24. https://doi.org/10.1038/s41576-020-0258-4 [著者所属] Max Delbrück Center for Molecular Medicine, Charité - Universitätsmedizin Berlin; 本文12ページ; 参考文献 176件
遺伝子発現には、転写、翻訳、そしてmRNAとタンパク質の代謝が関与しており、タンパク質の量がmRNAの量にどの程度比例しているか、また、この依存関係が崩れた場合の影響については、依然として激しい論争が続いている。
タンパク質の量を予測するために、mRNA量はどの程度有用なのだろうか?両者の比較から導き出される遺伝子発現制御の原理はあるのだろうか?また、表現型を理解し予測するために、mRNAレベルやタンパク質レベルの測定値はどの程度有用なのだろうか?プロテオミクス研究者は、タンパク質の方が表現型に近いため機能的な関連性が高いと主張し、ゲノミクス研究者は、mRNAレベルのデータの取得と解析は容易であり、有意義な結果をもたらすことが実証されていると指摘する [Introductionの第3段落から]。
タンパク質の量を予測するために、mRNA量はどの程度有用なのだろうか?両者の比較から導き出される遺伝子発現制御の原理はあるのだろうか?また、表現型を理解し予測するために、mRNAレベルやタンパク質レベルの測定値はどの程度有用なのだろうか?プロテオミクス研究者は、タンパク質の方が表現型に近いため機能的な関連性が高いと主張し、ゲノミクス研究者は、mRNAレベルのデータの取得と解析は容易であり、有意義な結果をもたらすことが実証されていると指摘する [Introductionの第3段落から]。
著者らは、遺伝子発現パスウエイの定量的パラメータ、コンテクスト上の交絡因子、緩衝機構に照らして、最近のmRNAとタンパク質の相関研究をレビューした。
タンパク質とmRNAのレベルには一般的に一定の相関があるが、トランスクリプトミクスとプロテオミクスにからいかに冗長性のない有用なリードが得られるかを解説した。両者のデータの統合解析によって、新たな知見が得られ、遺伝子発現制御の原理をより深く理解する手がかりが得られる。
[構成]
- はじめに
- mRNAとタンパク質レベルの相関
- 遺伝子発現の定量的パラメータ
- mRNA-タンパク質依存性の交絡因子
- レベル間の遺伝子発現のバッファー
- 単一細胞解析への影響
- mRNAとタンパク質レベルの相対的価値
- 結論と今後の展望
- 図6:mRNAレベルとタンパク質レベルの間の緩衝機構 [右上図参照]
[解説囲み記事]
Box 1 mRNAとタンパク質のターンオーバーを計る
Box 2 mRNAとタンパク質の相関を定量化する
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