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｜CRISPR

[注] DepMap:  一連のがん細胞株を対象とするCRISPR-Cas9による大規模なスクリーニング結果を集積したデータベース
[出典] "Screening and identification of CNIH4 gene associated with cell proliferation in gastric cancer based on a large-scale CRISPR-Cas9 screening database DepMap" Zhang H, Lin Y [..] Lin M. Gene 2022-10-08. https://doi.org/10.1016/j.gene.2022.146961 [著者所属] Shengli Clinical College of Fujian Medical U, Fujian Provincial Hospital. 
　DepMapにおいて胃がん細胞の生存に関連する710種類の候補遺伝子を同定し、TCGAデータベースにおいて胃がん細胞と正常細胞の間で発現に有意差がある遺伝子群と重なっていることを確認した。また、WFCNAとKEGGを利用して一連の遺伝子が細胞周期経路に濃縮されることを同定した。
　Connectivity Map (CMap)解析からは、分子標的薬LY294002が胃がん治療における新たな選択肢となる可能性を見出し、加えて、Cox一変量回帰分析とLasso回帰分析を用いて、12個の候補遺伝子を含む予後予測モデルを構築し、サブグループ解析と外部検証を実施した結果、LY294002が、予後予測に有用であることが示された。
　さらに、重要な候補遺伝子であるCNIH4のノックダウンが、胃がん細胞の増殖を抑制することを同定し、CNIH4が胃がん患者の治療の新たなターゲットとなり得ることを示した。

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