2023-04-11 Nature Methods 誌からの査読付論文書誌情報を挿入し、関連するNews & Views記事の書誌情報および若干の記述を以下に追記：
[出典] "Improving the sensitivity of in vivo CRISPR off-target detection with DISCOVER-Seq+" Zou RS [..] Ha T. (bioRxiv 2022-10-30) Nat Methods. 2023-04-06. https://doi.org/10.1038/s41592-023-01840-z [著者所属] Johns Hopkins U School of Medicine, Johns Hopkins U, HHMI.
News & Views "Discovering CRISPR–Cas off-target breaks" Jiménez C, Crosetto N. Nat Methods. 2023-04-06. https://doi.org/10.1038/s41592-023-01847-6 [著者所属] Human Technopole, Karolinska Institutet；参考図 Fig. 1: DISCOVER-seq+ increases the detection of CRISPR–Cas off-target sites in a variety of model systems. [不死化細胞株、あるいは、組織や動物全体から直接抽出した初代細胞にCRISPR-Cas9とsgRNAを適用し、DNA二本鎖切断（DSB）を誘導し、MRE11阻害剤Ku-60648に12時間曝露した後に、DISCOVER-seqと同様に、MRE11抗体でChIP-seq処理する。Ku-60648の使用により、DSB部位におけるMRE11の利用可能性が高まり、その後のChIP-seq解析において、これまで手法よりも多くのオフターゲットイベントを発見することが可能となった]
2022-11-10 bioRxiv 投稿に準拠した初稿[出典] "Improving the sensitivity of in vivo CRISPR off-target detection with DISCOVER-Seq+" Zou RS [..] Ha T. (bioRxiv 2022-10-30) Nat Methods. 2023-04-06. https://doi.org/10.1038/s41592-023-01840-z [著者所属] Johns Hopkins U School of Medicine, Johns Hopkins U, HHMI.
JHUの研究チームは今回、DNA依存性プロテインキナーゼ触媒サブユニット（DNA-PKcs）を阻害すると、CRISPR標的部位に修復タンパク質MRE11が集積することを示し、クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-sequence）を介してMRE11が結合する位置を特定することで、オフターゲット部位を特定可能にした。
研究チームがDISCOVER-Seq+と名付けたこの技術は、不死化細胞株、ヒト初代細胞、マウスにおいて、従来の方法と比較して最大で5倍ものCRISPRオフターゲット部位を発見した。また、ヒト初代T細胞におけるがん指向性トランスジェニックT細胞受容体のex vivo ノックインや、マウスにおける心血管リスク遺伝子PCSK9のin vivo アデノウイルス・ノックアウトにて実証した。
DISCOVER-Seq+は、in vivo でのオフターゲットゲノム編集を発見するためのこれまでで最も感度の高い方法である。
[関連crisp_bio記事と論文]
- DISCOVER-seqの使い方："CRISPR off-target detection with DISCOVER-seq" Wienert JE [..] Corn JE. Nat Protocol 2020-04-20. https://doi.org/10.1038/s41596-020-0309-5
- CRISPRメモ_2018/11/15 [第1項] DISCOVER-seq: CRISPRオフターゲット編集をin vivo で偏りなく検出する法；"Unbiased detection of CRISPR off-targets in vivo using DISCOVER-Seq" Wienert B, Wyman SK [..] Corn JE. Science 2019-04-19. https://doi.org/10.1126/science.aav9023
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