[出典] "Annotation and evaluation of base editing outcomes in multiple cell types using CRISPRbase" Fan J, Shi L, Liu Q [..] Xue L, Sun L, Mao F. Nucleic Acids Res 2022-11-09. https://doi.org/10.1093/nar/gkac967 [著者所属] Peking University Third Hospital, Yangzhou U, Rice Research Institute (広州), Guangdong Key Laboratory of New Technology in Rice Breeding, Guangdong Rice Engineering Laboratory, Northeast Forestry U (ハルビン), Shandong U, eking University Health Science Center, State Key Laboratory of Molecular Oncology (北京)
[Webサイト] http://crisprbase.maolab.org/ [2022-11-17時点でメンテナンス中]
CRISPRbaseは、塩基エディターに関する標的や構成などのアノテーションを集積し、ANNOVARソフトウェアを用いて各塩基エディターで誘発されるオフターゲット変異が機能に及ぼず効果を予測し、OncoBase を用いてオフターゲット変異の発がん性の情報を付加し、
また、塩基エディターが誘導する遺伝子発現変化のデータも提供する。さらに、利用者が入力した配列に対してミスマッチが4箇所以下のsgRNA配列を出力する機能も備えている [Figure 1引用右図参照]。
また、塩基エディターが誘導する遺伝子発現変化のデータも提供する。さらに、利用者が入力した配列に対してミスマッチが4箇所以下のsgRNA配列を出力する機能も備えている [Figure 1引用右図参照]。 CRISPRbaseは便利なデータベースであるだけでなく、異なる塩基エディターの結果を研究し、研究者が機能研究のために適切なBEデザインを選択するのに役立つ強力なツールでもあります。
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