[出典] Matters arising "Insufficient evidence for non-neutrality of synonymous mutations" Kruglyak L [..] Kaplan CD. Nature 2023-04-19. https://doi.org/10.1038/s41586-023-05865-4 [著者所属] UCLA, HHMI, U Cologne, MIT, U Utah, Stanford U.
UCLAのLeonid Kruglyakらが今回、2022年にミシガン大学のXukang ShenらがNature 誌から発表した論文 "Synonymous mutations in representative yeast genes are mostly strongly non-neutral" [＊]に対して、その論文から公開されたデータを再評価し、その結果、同義変異 (synonymous variants) が適応度 (fitness) に与える作用に関するいかなる結論を導き出すことはできないと、3つの重要な問題点を、Shen論文の変異株ライブラリー構築法を引用しながら ["Matters arising"記事のFig. 1参照] 指摘した：
- 変異の影響を比較するために必要な遺伝的背景がマッチする野生型（WT）コントロールが欠けている。
- 競合をベースとする適応度のアッセイにおいて、技術的複製が生物学的複製と同じように扱われている。その結果、適応度における潜在的な生物学的変動が捕捉されず、統計的解析は無意味になっている。
- 競合をベースとする適応度測定を検証するための独立した細胞増殖アッセイにおいて、生物学的複製が欠けている。
[＊] 2022-07-13 同義置換 (サイレント変異)は，ほとんど中立ではない - 出芽酵母での体系的実験から. https://crisp-bio.blog.jp/archives/29557228.html
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