[出典] "Decoding CRISPR-Cas PAM recognition with UniDesign" Huang X [..] Chen YE, Xu J. Brief Bioinformatics 2023-04-19. https://doi.org/10.1093/bib/bbad133 [著者所属] U Michigan Medical School, ATGC Inc.
米国の研究チームは今回、タンパク質と核酸の相互作用を設計するためのユニバーサルなタンパク質のコンピュテーショナルな設計フレームワーク (UniDesign) を開発し、概念実証実験として、８種類のCas9タンパク質と２種類のCas12aタンパク質について、そのPAMと、PAMと相互作用するアミノ酸 (PAM-interactive amino acids; PIAAs)の間の関係性を予測した。
- ネイティブPIAAsに対してUniDesignが予測したPAMsの大部分が、Casの如何によらず天然のPAMsと一致した。
- 天然のPAMsに対してUniDesignが予測したPIAAsも大部分がネイティブのPIAAsと一致した（同一性74%; 類似性 86%)。
以上、UniDesignは天然のPAMsとネイティブなPIAAsの対応関係をほぼ忠実に捉えたことから、CRISPR-Casやその他の核酸と相互作用するタンパク質の研究に有用なツール [＊]である。
[＊] UniDesignの入手先 https://github.com/tommyhuangthu/UniDesign
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