[注] NGS (Next Generation Sequencing/次世代シーケンシング)
[出典] "A CRISPR-enhanced metagenomic NGS test to improve pandemic preparedness" Chan AP, Siddique A [..] Schork NJ. Cell Rep Methods 2023-04-18. https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2023.100463 [著者所属] Jumpcode Genomics, The Translational Genomics Research Institute (City of Hope National Medical Center), UCSD, Scripps Research Institute; グラフィカルアブストラクト参照
SARS-CoV-2病原体 (COVID-19)パンデミックを教訓として、最初の感染例が報告された‘Day Zero’から、一定集団を対象とする検査を開始できるように、備えておくべきである。その手法としてNGSが第一候補になるが、コピー数が少ない病原体の検出が課題である。
米国の研究チームは、病原体の検出には必要のない膨大な配列をCRISPR-Cas9システムを除去することで、NGSを介したSARS-CoV-2の検出感度が、RT-qPCRに近くまで向上することを示した。
また、この手法を経て獲得した配列データは、変異株のタイピング、同時感染 (co-infection) の検出、病原体感染に対する個々人の応答の分析、に利用可能になる。
本研究が報告したNGSワークフローは、病原体に左右されない (pathogen agnostic) ことから、将来のパンデミックに備えるに有用である。
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