[レビュー] CRISPR-Cas9編集が誘導する意図せざる結果：ヒト細胞における構造変異の検出と頻度 : crisp

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科学分野の比較的新しい論文と記事を記録しておくサイト：主に、CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム編集, エピゲノム編集, 遺伝子治療, 分子診断/代謝工学, 合成生物学/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野) の観点から選択し、時折、タンパク質工学、情報資源・生物資源、新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症、機械学習・AIや研究公正からも選択

[注] 構造変異 (structure variants: SVs)

[出典] REVIEW "Unintended CRISPR-Cas9 editing outcomes: a review of the detection and prevalence of structural variants generated by gene-editing in human cells" Hunt JMT, Samson CA, du Rand A, Sheppard HM. Hum Genet 2023-04-24. https://doi.org/10.1007/s00439-023-02561-1 [著者所属] U Auckland ; 本文 13頁

臨床試験も始まったCRISPR-Casシステムによる遺伝子編集ツールの開発スピードに、編集結果の分析が追いついていない。多くの研究者がオンターゲットとオフターゲットの事象を、小規模な挿入と欠失の観点から解析してきたが、大規模なSVsと染色体異常の観点からの検証は必ずしも行われていない。ここでは、CRISPR編集がもたらすヒト細胞におけるSVsをレビューし [Fig. 1引用右図参照]、SVsの検出法と回避法をハイライトする。

[構成]

Introduction

　Gene editing using CRISPR-Cas9

　Gene editing can lead to the unintended generation of structural variants

Evidence for CRISPR-associated SVs

　Table 1 Summary of papers that have identified SVs in human cells

　SVs in human cancer cells lines

　SVs in primary cells, immortalized primary cells, iPSCs and HSPCs

　SVs in human embryonic stem cells, zygotes, and embryos

　HDR-enhancing techniques may increase the incidence of structural variants in CRISPR-edited cells

　Alternative CRISPR strategies may reduce the incidence of SVs

　Retention of SVs post editing