2023-07-27 Cell Reports Methods 誌のSpotlight記事 [*]でCell 論文が紹介された。その紹介と、Cell 論文の研究成果を改めて、別記事にまとめた：2023-07-27[スポットライト] 血液疾患の研究と治療に塩基編集を利用したスクリーニングが有効；Spotlight "Base-editing screens illuminate variant effects in human hematopoiesis" Vaitsiankova A, Thakar T, Ciccia A. Cell Rep Methods 2 003-07-24.
2023-06-14 Cell を論文を取り上げたTrends in Immunology 誌のスポットライト記事の書誌情報を追記："Base editors dissect genetic variants in human hematopoietic cells on a large scale" Papapetrou EP. Trends Immunol 2023-06-12. https://doi.org/10.1016/j.it.2023.05.009 [著者所属] Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
2023-05-11 Cell 誌刊行論文に準拠した初稿
[注] BEs (ABE8e-Cas9NG & evoFERNY)；HSPC (造血幹細胞・前駆細胞)
https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2023.100541
2023-06-14 Cell を論文を取り上げたTrends in Immunology 誌のスポットライト記事の書誌情報を追記："Base editors dissect genetic variants in human hematopoietic cells on a large scale" Papapetrou EP. Trends Immunol 2023-06-12. https://doi.org/10.1016/j.it.2023.05.009 [著者所属] Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
2023-05-11 Cell 誌刊行論文に準拠した初稿
[注] BEs (ABE8e-Cas9NG & evoFERNY)；HSPC (造血幹細胞・前駆細胞)
[出典] "Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis" Martin-Rufino JD, Castano N, Pang M, Grody E [..] Sankaran VG. Cell 2023-04-27. https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.03.035 [著者所属] Broad Institute of MIT and Harvard, Dana-Farber Cancer Institute, Yale U School of Medicine, Whitehead Institute for Biomedical Research, St Jude Children's Research Hospital, St. Jude Affiliate Clinic at Our Lady of the Lake Children's Health, Children's Healthcare of Atlanta and Emory U, Massachusetts General Hospital, Harvard Stem Cell Institute；
Harvard Medical Schoolを主とする研究チームが、HSPCに、BEsによる超並列な遺伝的摂動を加え、その機能およびシーケンスを読み出しとするスクリーンを実現し、血液細胞の生物学の多様な側面の解析と細胞工学を可能にした；グラフィカルアブストラクト 参照
遺伝的変異の作用をシステマティックに評価することが、ヒトの生理と疾患の研究と治療に必須である。特定の変異を導入することはゲノム工学によって可能であるが、血液細胞や免疫細胞のような初代細胞に適用可能なスケーラブルな変異導入技術が存在しなかった。研究チームは今回、ヒトHSPCの超並列BEスクリーンにングを実現し、造血系細胞の分化の過程にわたって、変異が機能に及ぼす作用の同定を可能にした。さらに、scRNA-seqを介したフェノタイピングとプール型シングルセル・ジェノタイピングを介してBEを加えた結果の解析を可能にした。
スクリーン結果をベースとして、白血病の抗CD33免疫療法の改善法を設計し、胎児型ヘモグロビンの発現に影響を及ぼす変異を包括的に同定し、造血系細胞分化を制御する機構を決定し、これまで特定されていなかった病原性に関与するノンコーディング領域の変異を発見した。
なお、著者らは今回開発した手法をPerturb(BE)-seqと称している。これは、CRISPRスクリーニングにscRNA-seqを組み合わせたPerturb-seqに敬意を表してのことと思われる。
なお、著者らは今回開発した手法をPerturb(BE)-seqと称している。これは、CRISPRスクリーニングにscRNA-seqを組み合わせたPerturb-seqに敬意を表してのことと思われる。
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