[出典] DepMap: Cancer Dependency Map https://depmap.org/portal/announcements/；Twitter スレッド "The 23Q2 release is here !" The Cancer Dependency Map Project @CancerDepMap. https://twitter.com/CancerDepMap/status/1656027066364760064
DepMapの23Q2版がリリースされた。このリリースには、新たなCRISPR KOとオミックスのデータ, CRISPR KOスクリーンのデータ解析プログラム Chronosの更新、新たなTarget Discovery (TD) アプリケーション、および、新たな細胞系譜のWebページが加わった。
CRISPR KOスクリーンのデータを統合したChronos 2.0の解析の結果、偽陽性件数が5%減じた。また、DepMapでは、CRISPR KOスクリーンにおいて、同一の染色体腕上の遺伝子間の依存性におけるバックグラウンドの相関が人為的結果をもたらすことを認識していたことから、その修正を施した。
[DepMap利用関係crisp_bio記事例]
- 2023-01-07 がん細胞株におけるパラログペア間のロバストな合成致死の包括的予測.
- 2022-10-19 DepMapデータベースを解析して、胃癌の細胞増殖に関連するCNIH4遺伝子のスクリーニングと同定.
- 2022-05-19 ゲノムワイドCRISPRスクリーンを介して, 機能喪失しているがん抑制遺伝子を標的とするがん療法の可能性を示した.
- 2022-03-13 DepMapにおけるRNAiスクリーニング由来データとCRISPR-Cas9スクリーニング由来データの双方を活用する.
- 2022-03-06 DepMapデータベースとTCGAデータベースの解析からccRCCの新規バイオマーカを同定.
- [20210318更新] Cancer Dependency Map: 米英の研究所が互いに独立に判定した結果が整合した癌細胞の必須遺伝子プロファイル.
- 2020-11-08 iCSDB: ヒト細胞を対象とするCRISPRスクリーニング結果の統合データベース.
- 2020-10-28 CEN-tools: 大規模なゲノムワイドCRISPRスクリーンのデータをベースとして, コンテクストに依存する必須遺伝子と細胞過程の同定を支援する情報資源.
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