[出典] Special "Human Pangenome Reference" nature portfolio 2023-05-10. https://www.nature.com/collections/aebdjihcda
ヒト参照ゲノムは、2001年にドラフト配列が報告 [＊1]されて以来、ヒト遺伝学のバックボーンであり続けて来たが、その間に、完全な配列の決定と、参照ゲノムの多様化を目指した努力が続けられてきた。
ドラフト配列では、ヒトゲノム上の解読が困難な領域がギャップとして残されていたが、2004年にユークロマチンの~99%に相当する配列が決定され [＊2]、2022年になって、Telomere-toTelomere (T2T) コンソーシウムによって、Y染色体を除く全染色体のギャップが解消された配列が公開された [＊3]。
遺伝学の基礎研究の「座標軸」としてだけでなく、精密な診断や医療の実現に向けた情報基盤としても期待されていたヒト参照ゲノムの多様化は、International Human Pangenome Reference Consortiumのもとで、遺伝的に多様な350人 (700本の染色体)の完全配列を2024年半ばまでに決定すべく国際プロジェクトが進められてきたが、その中間報告として、47人のゲノム配列決定の報告と解析の論文が刊行された [＊4]。
ヒト汎ゲノム参照配列は、ほぼ一個人に由来するこれまでの参照配列 (以下、シングル参照配列)に比較して、新たに1.19億塩基対が加わり、また、50塩基未満の短いバリアントコールのエラーが34%低減されている。汎ゲノム参照配列とシングル参照配列の違いは、特に、反復配列領域で顕著であり、構造多型 (structural variants) の件数がこれまでの２倍に達した。
[引用文献]
[引用文献]
- [＊] "Initial sequencing and analysis of the human genome" Lander ES, Linton LM, Birren B et al. Nature 2001-02-15. ；"The Sequence of the Human Genome" Venter JC, Adams MD, Myers EW et al. Science. 2001-02-16.
- [＊] "Finishing the euchromatic sequence of the human genome" International Human Genome Sequencing Consortium. Nature 2004-10-21.
- [＊] "The complete sequence of a human genome" Turk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M [..] Eichler EE, Miga KH, Phillippy AM. Science 2022-04-01.
- [＊] Nature 誌から刊行された記事と論文：NEWS & VIEWS FORUM "Human pangenome supports analysis of complex genomic regions" Massarat A, Gymrek M, McStay B, Jónsson H. Nature 2023-05-10；"A draft human pangenome reference" Liao WW, Asri M, Ebler J [..] Garrison E, Marschall T, Hall IM, Li H, Paten B. Nature 2023-05-10；"Recombination between heterologous human acrocentric chromosomes" Guarracino A, Buonaiuto S, de Lima LG [..] Garrison E. Nature 2023-05-10；"Increased mutation and gene conversion within human segmental duplications" Vollger MR, Dishuck PC, Harvey WT [..] Eichler EE. Nature 2023-05-10.
- [ヒトゲノム解読プロジェクトの解説記事 - ドラフト配列決定からT2Tの完全配列決定まで] "ヒトゲノム計画とヒトゲノム完全解読" 清水厚志. JSBi Bioinformatics Review. 2022-06-02年 (3巻1号p. 11-19.)
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