[注] anti-CRISPR: Acr蛋白質; acr遺伝子
[出典] "Genome mining for anti-CRISPR operons using machine learning" Yang B, Khatri M, Zheng J, Deogun J, Yin Y. Bioinformatics 2023-05-09. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad309 [著者所属] U Nebraska.
最近の研究から、一連の既報のacr 遺伝子は他のacr 遺伝子およびファージの構造遺伝子と同一オペロン内に共存していることが明らかにされた。著者らは既報acr遺伝子98種類のうち47種類が同一オペロン内に共存していた。しかし、これまで報告されたAcr予測ツールは全て、このゲノムコンテクストを勘案していなかった。
ネブラスカ大学の研究チームは今回、既報のacr遺伝子とそのホモログのゲノム・コンテクストを考慮した新たなacr予測ツールを開発し、AOminerとして報告した [Fig. 1引用右図参照]。
ネブラスカ大学の研究チームは今回、既報のacr遺伝子とそのホモログのゲノム・コンテクストを考慮した新たなacr予測ツールを開発し、AOminerとして報告した [Fig. 1引用右図参照]。 AOminerは、Aceオペロン (Ace opreson) の発見にフォーカスした初の機械学習ツールである。２状態の隠れマルコフモデル (HMM) を、既知のacr遺伝子またはそのホモログおを含むオペロンの保存されているゲノムコンテクストを学習させ、AOsとnon-AOsの識別を可能にした。
AOminerは、与えられたゲノムまたはオペロンから、潜在的AOsの自動マイニングを可能にし、既存のAcr予測ツール全てに優った。
[AOminerのWebサーバとパイソンプログラム]
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