[注] COLUMBO (CRISPR-Cas9 R-loop usage for the molecular beacon opening)
[出典] "Multiplexable and Biocomputational Virus Detection by CRISPR-Cas9-Mediated Strand Displacement" Márquez-Costa R [..] Rodrigo G. Anal Chem 2023-05-19. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c01041 [著者所属] U Valencia, INCLIVA Biomedical Research Institute, U Politècnica de València
SARS-CoV-2のE遺伝子に由来するDNA二本鎖アンプリコンはCas9が認識可能なPAM配列を帯びている。COLUMBOでは、このアンプリコンに、Cas9-sgRNAのRNPのスペーサー配列が結合することで、DNA二本鎖から非標的鎖が一本鎖DNAとして露出し (R-ループ形成)、これが、予め設計しておいたヘアピン型のモレキュラー・ビーコンのシード配列に結合してモレキュラー・ビーコンを開裂して、消光状態にあったモレキュラービーコンの３'末端に結合させておいた蛍光色素Cy5が発光するに至る [Figure 1参照]。
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