[出典] "Open Genes—a new comprehensive database of human genes associated with aging and longevity" Rafikova E, Nemirovich-Danchenko N, Ogmen A et al. Nucleic Acids Res. 2023-09-04. https://doi.org/10.1093/nar/gkad712 [著者所属] Open Longevity, National Research Tomsk State U,  Bogazici U, Moscow State U, Harvard Medical School, UCSF, Saint Petersburg State U
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 近年、膨大な老化研究が行われ、PubMedを‘aging genetics’で検索すると、2000年から2021年までの間に1万件以上の論文がヒットする。それに応じて、これまでいくつかの老化遺伝子データベースが公開されてきたが、OpenGne 1Open Longevity社所属研究者 (ロシア、トルコ、米国の大学と兼任) を主とする研究チームが今回、データと実験の質を評価した上で、2,402種類の遺伝子を網羅したデータベースを公開した。これまでの老化遺伝子データベースに対するOpen Gene特徴は以下の通り:[Figure 1引用右図参照]
  • 異なるタイプの実験結果をデータベースの異なるセクションで提供する代わりに、遺伝子単位に全てのデータを統合した。この統合と、選択する基準や信頼度によるフィルタリングを介して、利用者は遺伝子を様々なパラメータでソートし、さらなる解析のために興味のある遺伝子のリストを作成することができる。また、各遺伝子に関する全てのデータは、独立した遺伝子ページに掲載されている。
  • 遺伝子と加齢を結びつける各実験について、詳細で構造化されたデータを提供している。例えば、介入の組織特異性、治療開始時と終了時のモデル生物の年齢、対照群と実験群の寿命の絶対値など、各寿命実験について最大35のパラメータが設定されている。詳細は研究デザインと利用可能なデータに依存し、利用者は実験を比較し、結果をより正確に解釈することができる。また、すべてのデータセットをOpen GenesのWebサイトからダウンロードできる。
  • 遺伝子の進化に関するデータを手作業で収集し収録している。系統学的研究に基づき、455の老化関連遺伝子について、遺伝子進化における主な出来事の記述とともに、遺伝子の起源と遺伝子ファミリーの起源が特定されている。
  • 特定の遺伝子をヒトの老化に関連付ける際に客観的かつ正確であり、遺伝子選択基準の透明性を維持するため、Open Genesデータベースに遺伝子を追加する際に6種類の研究と12種類の基準を区別し、遺伝子と老化の関連を支持するデータの種類に基づいて、遺伝子を信頼度の異なるグループに分類している [Figure 2-AとFigure-B,Cを引用した左下図と右下図を参照]。
Fig. 2A   Fig. 2 BC
  • Open Genesデータベースは、対話型Webサイト、スマホのアプリケーション、および利用者のプログラムからAPIを呼ぶことで利用可能である。