[出典] “AlPaCas: allele-specific CRISPR gene editing through a protospacer-adjacent-motif (PAM) approach” Serena Rosignoli S [..] De Luca M, Paiardini A. Nucleic Acids Res 2024-05-25. https://doi.org/10.1093/nar/gkae419 [所属] Sapienza U Rome, U Modena and Reggio Emilia, Holostem s.r.l, U Rome.

　顕性遺伝性遺伝病の遺伝子治療には、変異対立遺伝子を選択的に破壊するか、特定の変異を編集する必要がある。CRISPR-Casシステムは、顕性突然変異を含む一塩基変異（SNV）の遺伝的修正に大きな可能性を秘めている。しかしながら、病原性のあるゲノムコンテクストにおけるSNVを区別することは、依然として困難である。病気の原因となるSNVを帯びた対立遺伝子に、野生型対立遺伝子には無かったPAMが生成されていれば、野生型対立遺伝子の機能を維持したまま、精密に標的化することができる [グラフィカルアブストラクト引用右上図参照]。

　イタリアの研究チームが今回構築・公開したAlPaCas (Aligning Patients to Cas)ウェブサーバーは、この「精密な標的化」の要件を満たすSNVによって生成されたPAMの配列ベースの同定と構造解析のための自動化されたパイプラインである [Figure 1引用右図参照＊]。AlPaCasは「遺伝子/SNV」の入力に応じて以下のように動作する： (i)SNV由来のPAMを同定し、(ii)SNVを認識する利用可能なCas酵素のリストを提供し、(iii)SNV由来のPAMに対する選択性を高めるための変異Casエンジニアリングを提案する。

　AlPaCasはで広く一般に公開されている：https://schubert.bio.uniroma1.it/alpacas [スクリーンキャプチャから画像やテキストのサイスと配置を一部変更して右図に引用]

[＊] “Fig. 1 AlPaCasのワークフローと外観” を引用した2番目の挿入図参照

(A) AlPaCasワークフロー：AlPaCas Finderと称する検索プロトコルと、それに続く構造解析の2つの主要なフェーズが、内包されているサブステップと共に、示されている。一連のサブステップにおけるグレーの背景は解析の入力とメソッド、オプションのインプットはオレンジの背景はオプションのインプット、ブルーの背景は、出力を意味する。各ステップの結果には、同定されたSNV由来のPAMをスクロールする直感的なインターフェース（B）や、構造解析の結果を探索するインタラクティブなインターフェース（C）などの結果閲覧ページが用意されている。