[出典] REVIEW "Recent advances in the characterization of essential genes and development of a database of essential genes" Liang YT, Luo H, Lin Y, Gao F. iMeta. 2024-06-02. https://doi.org/10.1002/imt2.157 [所属] Tianjin U, SynBio Research Platform Collaborative Innovation Center of Chemical Science and Engineering ; 参考文献197件を含む23頁
[データベースWebサイト] http://origin.tubic.org/deg/public/index.php [右下図はトップページのスクリーンショット例;右下図はスクリーンショットを紹介している論文のFigure 2からの引用]
DEG HomePage   DEG Fig. 2
 過去数十年にわたり、特定の環境条件下で生物の生存に不可欠であり、合成生物学や医学の分野で実用化されている必須遺伝子の研究に大きな関心が寄せられてきた。技術的手法の継続的な発展に伴い、必須遺伝子に関する実験データは増加の一途をたどっている。それに伴い、様々な計算による予測手法や関連データベース、ウェブサーバーが出現している。

 中国の研究チームが今回、必須遺伝子の研究を促進するために、必須遺伝子データベース (database of essential genes : DEG)を構築し、必須遺伝子の特徴解析・予測、創薬・ワクチン開発、人工ゲノムの設計・構築を容易にするために、継続的な更新を行い、公開してきた。

 本稿では、必須遺伝子に関する研究を整理し、関連データベースを概観し、その実用化について考察した。さらに、DEGの主な応用例を概観し、その最新版に基づいて包括的な解析を行った。その上で、必須遺伝子の定義は文脈依存的であり、単純な二項分類ではなく、動的な概念であるとした。したがって、必須遺伝子の異なる実験結果を統合することは困難であるが、遺伝子相互作用のメカニズムを探求する機会を提供する。


[構成]
INTRODUCTIONDEG Fig. 1
The definition of essential genes
The identification of essential genes
 Figure 1 Milestones of technological breakthroughs in gene essentiality [右図に引用]
Experimental-based methods
Computational-based methods
 Table 1. Summary of characteristics of essential genes.
Related databases and web servers
 Table 2. Description of essential gene databases and web servers.
The practical applications of essential genes
 Applications in the field of synthetic biology
 Applications in the field of medicine
 Introduction of the DEG database
 Figure 2 Screenshots and examples of user cases in the database of essential genes (DEG)DEG Fig. 3
Applications of the DEG database
 Figure 3 Main applications of the database of essential genes (DEG) [右図に引用].
Analysis based on the DEG database
 Comparison between essential and nonessential genes
  Figure 4 Relevant analysis results based on essential genes in the database of essential genes (DEG)
The distribution of essential genes in pan-genomic classification
CONCLUSION AND FUTURE PERSPECTIVE