[出典] "KOnezumi-AID: A Software to Automate the Design of Multiplex Knockouts Using Target-AID" Taki T, Morimoto K, Mizuno S, Kuno A. bioRxiv. 2024-11-03 (preprint). https://doi.org/10.1101/2024.10.29.620976 [所属] 筑波大
ゲノム編集技術、特にCRISPR-Cas9システムの画期的な進歩により、極めて効率的にノックアウト（KO）変異体を作出することが可能になった。しかし、Cas9ヌクレアーゼはDNAに二本鎖切断（DSB）を導入するため、染色体再配列のリスクが高まり、複数の遺伝子を同時にノックアウトしようとする場合に、特に、大きな障害となる。
Target-AIDのような塩基編集システムは、DSBを介することなく正確な塩基変換を可能にすることで、より安全なゲノム編集手段を提供する。しかしこれまで、Target-AIDに基づく遺伝子KOを支援するする適切なツールが存在せず、多重遺伝子の同時KOに利用可能なガイドRNA（gRNA）を設計する包括的なシステムが必要とされていた。
KOnezumi-AIDは、Target-AIDによるゲノム編集のためのgRNA設計を容易にするコマンドラインツールである。KOnezumi-AIDは、未成熟終止コドンの誘導やエクソンスキッピングの促進による遺伝子KO戦略に則って、マウスゲノムとヒトゲノムの双方について、遺伝子KOに利用可能なgRNAを設計する。さらに、KOnezumi-AID はバッチ処理機能を備えており、CRISPR スクリーニングのような大規模なゲノム編集プロジェクトにおいて、迅速かつ正確な gRNA設計を可能にする。
[関連crisp_bio記事]
- CRISPRメモ_2019-02-08 [第１項] KOnezumiは遺伝子記号に応えてCRISPR/Cas9ノックアウトの最適戦略を回答する.
- [20200603更新] C-to-TとA-to-Gの共変換を実現するBE: Target-ACEmax (ヒト細胞)； RNAに対するオフターゲット効果が他の塩基エディターよりも低い
- 2022-07-19 BExplorer: 塩基編集gRNAの最適設計と多面的作用の評価を可能とするアプリケーション；Target-AIDを含むエンキエディターの性能評価アプリケーション; Target-AIDの編集ウインドウは他の塩基エディターよるも狭くバイスタンダー編集のリスクが低い
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