[出典] "CRISPRepi: a multi-omic atlas for CRISPR-based epigenome editing" Shi L, Li S, Zhu R, Lu C [..] Zhao X, Nao F, Li K. Nucleic Acids Res. 2024-11-12. https://doi.org/10.1093/nar/gkae1039 [所属] Peking U Third Hospital, Third Affiliated Hospital of Sun Yat-Sen U, Shenzhen Peking U-the Hong Kong U Science and Technology Medical Center
CRISPRepiは、87の細胞種と6つの生物種にわたる74のCRISPRベースのエピゲノム編集システムから得られたマルチオミクスデータを統合した新しい包括的プラットフォームである。283種類の遺伝子にリンクした5,962種類のsgRNAをキュレーションしており、研究者は編集効率、オフターゲット効果、細胞特異的な結果を評価することができる。sgRNAデザインと結果解析のためのツールにより、CRISPRepiはエピゲノム編集研究とシステムの最適化を効率化する。
CRISPRシステムを用いたエピゲノム編集は、CRISPRの精度とエピジェネティックマークの書き換え機能を統合したものであり、DNA配列を改変することなく、調整可能かつ可逆的な遺伝子制御戦略を提供する。様々なエピゲノム編集系が開発され、様々な生物種や細胞種で応用されている。しかし、各手法の情報もまた様々であり、精度を比較評価した上で、さらなる機能研究のためにsgRNAの最適設計に利用することが困難である。
中国の研究チームが今回、74種類のエピゲノム編集システムによって操作された87種類の細胞種における、綿密にキュレーションされた671件のRNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq、ATAC-seqデータセットから得られた
広範なシーケンスデータを統合した先駆的プラットフォームであるCRISPRepi（http://crisprepi.maolab.org/; http://crisprepi.lilab-pkuhsc.org/）を開発した [Figure 1引用右図参照]。
広範なシーケンスデータを統合した先駆的プラットフォームであるCRISPRepi（http://crisprepi.maolab.org/; http://crisprepi.lilab-pkuhsc.org/）を開発した [Figure 1引用右図参照]。 CRISPRepiには、6つの生物種にわたる2,277件のサンプルから、283件の標的遺伝子に関連する5,962のsgRNAsがキュレーションされている。また、CRISPRepiには、編集前後の遺伝子発現変化を解析することにより、編集結果を分析し、
マルチオミクス的エピジェネティック・ランドスケープの詳細とともにオフターゲット効果を評価するためのツールが組み込まれている。さらに、CRISPRepiは、細胞/組織特異的なコンテクストにおいて、新たに設計されたsgRNA配列の編集ポテンシャルの評価を支援する [Graphical Abstract 引用右図参照]。
マルチオミクス的エピジェネティック・ランドスケープの詳細とともにオフターゲット効果を評価するためのツールが組み込まれている。さらに、CRISPRepiは、細胞/組織特異的なコンテクストにおいて、新たに設計されたsgRNA配列の編集ポテンシャルの評価を支援する [Graphical Abstract 引用右図参照]。 複数の生物間で最適な編集デザインを検索・選択するためのユーザーフレンドリーなインターフェースを提供することで、CRISPRepiは、研究者が多様なCRISPRベースのエピゲノム編集システム間で編集効率やオフターゲット効果を評価するための統合的なリソースとして機能する。
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