機能ゲノミクスの重要な目標は、どのノンコーディングエレメントが遺伝子発現、細胞機能、疾患に寄与しているかを評価することである。しかし、候補となるエレメントは膨大かつ複雑であるため、機能解析は依然として困難である。
Broad Institute of MIT and Harvardを主とする研究チームは今回 、CRISPRiを用いた転写因子結合部位の多重遺伝子座スクリーニングのアプローチを開発した。数百の配列一致部位を持つ切り詰めたガイドは、エンハンサー活性を確実に破壊することができ、抑制効果を維持しながらCRISPRiの標的範囲を拡大することができる。
研究チームは、スペーサー長10ヌクレオチドの24個のガイドRNAを用いて、13,000以上のCTCF結合可能部位をスクリーニングした。これらの切り詰めたガイドは、CRISPRiを介した抑制的なH3K9me3マークの沈着を誘導し、ほとんどの配列が一致する標的部位での転写因子結合を破壊した。
このアプローチは、転写因子結合モチーフや他の繰り返しゲノム配列をテストするための貴重なスクリーニングステップとなり得る。
[出典] "Multi-locus CRISPRi targeting with a single truncated guide RNA" Moore MM [..] Najm FJ. Nat Commun. 2025-02-04. https://doi.org/10.1038/s41467-025-56144-x [著者所属] Broad Institute of MIT and Harvard (Gene Regulation Observatory, Genetic Perturbation Platform), Dana-Farber Cancer Institut (Dept Cancer Biology), Harvard Medical School (Dept Cell Biology and Pathology), Harvard U (Dept Stem Cell and Regenerative Biology)
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