[注] TAD (Topologically Associating Domain)
2025-03-04 責任著者のBluesky投稿へのリンクを追加
2025-02-27 Nature Communications 論文に準拠した初稿
2025-03-04 責任著者のBluesky投稿へのリンクを追加
2025-02-27 Nature Communications 論文に準拠した初稿
エンハンサーやプロモーターなどのシス制御エレメント（CRE）は、遺伝子発現の基本的な制御因子である。MYC遺伝子座は、複数のCREによって駆動される多様な制御機構を、さまざまな細胞種において利用している。ニューヨークを拠点とする研究チームが今回、CRE機能の違いをよりよく理解するために、CRISPRiスクリーニングを介して、6つのヒトがん細胞株において、MYCを含む2.8Mbに及ぶTADを塩基配列の分解能で網羅的にプローブした。
その結果、その阻害が細胞増殖の変化をもたらす32のCREをマッピングし、そのうちの8つは以前に同定されたエンハンサーと重複していた。特定のCREを標的とすると、MYCの発現が60%も減少し、細胞増殖は50%も減少する。3次元エンハンサー・コンタクト・マッピングを用いると、これらのCREはほとんど常にMYCに接触しているが、サイレンシングされたときに増殖に影響を与えるMYCの接触は全体の10％以下であることが判明し、表現型に関連するCREを同定するために採用した今回のアプローチが有用であることが示された。
また、MYC CREにおいて系統特異的な転写因子（TF）の濃縮を検出し、これらのTFのいくつかについて、TFとMYC発現の間に正常組織には見られない腫瘍特異的な強い相関を見出した。
これらの発見は、MYC遺伝子座における組織特異的遺伝子制御の複雑さを浮き彫りにした。
[出典] "Comprehensive dissection of cis-regulatory elements in a 2.8 Mb topologically associated domain in six human cancers" Caragine CM [..] Sanjana NE. Nat Commun. 2025-02-13. https://doi.org/10.1038/s41467-025-56568-5 [著者所属] New York Genome Center, New York U (Dept Biology), New York U School of Medicine (Dept Neuroscience and Physiology, Permutter Cancer Center)
[Neville E. SanjanaのBluesky投稿]
[Neville E. SanjanaのBluesky投稿]
🔷 📰 BLUETORIAL time! 📰 🔷 Excited to share recent work from our lab on noncoding genomics 🔎🧬: High-resolution CRISPR perturbations of the MYC TAD (~3 Mb) in 6 different human cancer cell lines www.nature.com/articles/s41...
— Neville Sanjana (@nevillesanjana.bsky.social) 2025年3月3日 11:40
[image or embed]
コメント