ユニークなトランス切断活性で知られるCRISPR/Cas12f1システムは、核酸検出のための有望なツールとして登場した。しかし、Cas12f1におけるガイドRNAの最適化は依然として重要な課題である。中国を主とする研究チームは今回、AlphaFold3による予測構造をベースに、ガイドRNAの戦略的修飾法を探り、Cas12f1リボ核タンパク質（RNP）複合体のトランス切断効率を向上させることに成功した。
- 野生型tracrRNAとcrRNA配列の初期構造シミュレーションから、tracrRNA内で予期せぬペアリングが生じ、crRNAとの相互作用が阻害され、Cas12f1の活性が低下していることが明らかになった。
- '予期せぬペアリング'を、tracrRNAの3′末端の切断により回避することで、トランス切断活性を大幅に向上させることに成功し、この知見をもとに、最適化したtracrRNAとcrRNAを連結したsgRNAを設計した。
- 構造シミュレーションの結果、このsgRNAは最適化tracrRNA-crRNA複合体と同様に、tracrRNAとcrRNAの間で安定な二重鎖を形成することが確認された。
- 短縮したtracrRNAシステムと比較して、sgRNAはCas12f1 RNPのトランス切断活性をさらに高め、バイオセンサーとしての検出感度の向上をもたらした。
[出典] "Optimization of CRISPR/Cas12f1 guide RNAs using AlphaFold 3 for enhanced nucleic acid detection" Pan L [..] Wang A, Deng F. Microchem J. 2025-03-02. https://doi.org/10.1016/j.microc.2025.113194 [著者所属] Central China Fuwai Hospital of Zhengzhou U, Henan U Science and Technology, Luoyang Key Laboratory of Live Carrier Biomaterial and Animal Disease Prevention and Control, Luoyang Worpson Biological Engineering Co Ltd (China), Army Medical U (China), UNSW Sydney；グラフィカルアブストラクト参照
コメント