Arc研究所は、米国カリフォルニア州Palo Altoを拠点とし「好奇心に基づく生物医学科学とテクノロジーのための新しい機関」を標榜している。Arc研究所のバーチャル・セル・アトラス（Arc Virtual Cell Atlas: 以下、AVCA）は、
2 つの基礎データセットとともに2025 年 2 月 25 日から一般公開されている [右図は公開Webサイト・トップページの画面キャプチャ]。
2 つの基礎データセットとともに2025 年 2 月 25 日から一般公開されている [右図は公開Webサイト・トップページの画面キャプチャ]。 Arc InstituteのDave Burke最高技術責任者（CTO）は言う、「単一細胞シーケンシングは細胞生物学に対する私たちの理解を一変させましたが、これまでは大規模なデータの統合と分析が大きな課題でした」、「AVCA は、複数の種、組織、実験条件にまたがる多様なデータセットを組み合わせ、高度な計算分析と発見に利用できるようにした新しいアプローチです」、「AVCAは広く一般に公開されます」。
AVCAのベースとされた基礎データセットの一つは、Vevo Therapeuticsによって作成された、1 億個の細胞で構成され、50 の癌細胞株にわたる 60,000 の薬物細胞相互作用をマッピングしたTahoe-100Mと呼ばれるオープンソースの摂動データセットである。もう一つの基礎データセット scBaseCamp は、公開リポジトリから単一細胞のデータセットを自動的に識別してキュレートし、さまざまな実験ソース間で一貫性を確保する標準化されたパイプラインを介して処理する AI エージェントを介して、構築された。この統一されたアプローチにより、さまざまな種類の単一細胞データ間の統合が改善され、 AVCAのモデルの事前トレーニング用に最適化されカスタマイズされたデータセットが研究者に提供される。
Arc の機械学習グループ リーダーである Yusuf Roohani氏は言う、「scBaseCamp は、生物学的データ統合へのアプローチ方法の根本的な変化を表しています」、「私たちは、公開データ リポジトリをリアルタイムで継続的に検索、キュレート、処理する自律型 AI システムを構築しました。手動のキュレーションに頼るのではなく、エージェントはバックグラウンドで動作し、新しい単一細胞データセットが利用可能になるとそれを識別して標準化します。」
scBaseCamp と Tahoe-100M はどちらもオープンソースとして公開されている。研究者は、このリソースを活用して、さまざまな状況での薬物反応や疾患のメカニズムを研究することができる。Arc の共同創設者でコア研究者でありUC Berekeleyにも籍があるPatrick Hsu氏は言う、「Arc の主要目標の 1 つは、健康および疾患におけるヒトの生物学をシミュレートできる仮想細胞モデルを構築することです。数億の細胞測定値を標準化し、計算可能な形式に統合することで、AI を生物学的発見に適用する際の重大なボトルネックを解消しています」、「このリソースにより、研究者はより高度な機械学習モデルをトレーニングして、さまざまな状況での細胞行動の複雑さをより適切に捉えることができるようになります。」
Arc のエグゼクティブ ディレクター、共同創設者、コア研究者のSilvana Konermann氏は「科学者がこれらのデータセットを使用するのを楽しみにしています。また、単一細胞データ、特に摂動単一細胞データを作成し、Atlas に貢献したいと考えている他の研究者と協力できることを嬉しく思います」「私たちは、多くの面で生物学研究を加速させるダイナミックなプラットフォームを構築しています。」
今後、Arc はさらなる研究活動とパートナーシップを通じてAVCAを拡張していく。今後のリリースでは、さまざまな単一細胞データタイプが組み込まれる予定である。化学的な変動と遺伝的な変動の両方を組み込んだデータに重点を置き、多様な細胞コンテキストと実験条件のトランスクリプトーム ランドスケープへの影響を体系的にマッピングできるようにする。研究所はまた、研究者のフィードバックに基づいて Atlas ポータルの分析ツールと視覚化機能を強化する。
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[出典] NEWS "Arc Virtual Cell Atlas launches, combining data from over 300 million cells" Arc Institute. 2025-02-25 https://arcinstitute.org/news/news/arc-virtual-cell-atlas-launch
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