マウントサイナイ医科大学のバイオインフォマティクスセンターの研究チームがNIHのLINCS (Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures) ライブラリーの一環として、248種類のヒト細胞株をL1000アッセイ [＊] でプロファイリングし、33,621の低分子と7,508種類の遺伝子のCRISPRノックアウトの効果を測定した。
その上で、167万8,000セットのアップレギュレーションおよびダウンレギュレーションされた遺伝子を計算しました。
これらの遺伝子セットはすでに、LINCS L1000 Signature Search (L2S2)ウェブサーバーアプリケーションによって検索用に提供されている [Webサイトトップページのスクリーンショットを右図に引用]。
これらの遺伝子セットはすでに、LINCS L1000 Signature Search (L2S2)ウェブサーバーアプリケーションによって検索用に提供されている [Webサイトトップページのスクリーンショットを右図に引用]。 L2S2のユーザーは、自らの単一またはアップ/ダウン遺伝子セットと類似または反対の遺伝子発現プロファイルを生成する低分子および単一遺伝子CRISPR KOを識別できる。L2S2には、すべての細胞コンテキスト、時点、および濃度にわたって摂動をランク付けするコンセンサス検索機能も含まれている。
L2S2の有用性を示すために、
L2S2遺伝子セットをRummaGEO [Webサイトのスクリーンショットを右図に引用] リソース用に収集された遺伝子セットと交差検証した。解析の結果、薬物クラス、組織、疾患に一致するが発現レベルが異なる遺伝子のクラスターが特定され、薬物再利用と創薬における多くの可能性が示唆された。
L2S2遺伝子セットをRummaGEO [Webサイトのスクリーンショットを右図に引用] リソース用に収集された遺伝子セットと交差検証した。解析の結果、薬物クラス、組織、疾患に一致するが発現レベルが異なる遺伝子のクラスターが特定され、薬物再利用と創薬における多くの可能性が示唆された。 L2S2ウェブサーバーアプリケーションは、遺伝子シグネチャを疾患、組織、化合物クラスに関連付けることで、薬剤の再利用や個別化治療の開発に活用できる。
[L2S2ウェブサーバーアプリケーション] https://l2s2.maayanlab.cloud
[＊] L1000関連crisp_bio記事
[出典] "L2S2: chemical perturbation and CRISPR KO LINCS L1000 signature search engine" 
Marino GB, Evangelista JE, Clarke DJB, Ma'ayan A. Nucleic Acids Res. 2025-05-01. https://doi.org/10.1093/nar/gkaf373 [著者所属] Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Mount Sinai Center for Bioinformatics)；グラフィカルアブストラクト引用右図参照
Marino GB, Evangelista JE, Clarke DJB, Ma'ayan A. Nucleic Acids Res. 2025-05-01. https://doi.org/10.1093/nar/gkaf373 [著者所属] Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Mount Sinai Center for Bioinformatics)；グラフィカルアブストラクト引用右図参照
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