[注] この研究成果については、広島大学により詳細な日本語解説が用意されている [出典 1 参照]。このブログ記事のタイトルも、出典1から引用に準拠
- 塩基エディターCBEに伴う意図しないRNA編集（RNAオフターゲット）を分析する「Pipeline for CRISPR-induced Transcriptome-wide Unintended RNA Editing：PiCTURE」を開発した。
- RNAオフターゲット編集のデータを集積した上で、DNA言語モデル「DNABERT-2」事前学習モデルを利用して「PiCTURE」で解析したCBE特異的RNAオフターゲット配列でファインチューニングを実施することでCBE特異的RNAオフターゲットを予測する機械学習モデル「STL（別称：RNAOffScan v1）」と「SNL（別称：RNAOffScan v2）」を開発した。
- さらに、RNAオフターゲット作用のAI予測ツールの活用例として、DBCLSの「RefEx」データベースと連携することで、CBEのRNAオフターゲットリスクを人体の組織や器官ごとに推定する新規ソフトウェア「Predicting RNA Off-target compared with Tissue-specific Expression for Caring for Tissue and Organ：PROTECTiO」を構築した。
[関連論文とcrisp_bio記事]
- 2023-03-30 "Cytosine Base Editors Induce Off-Target Mutations and Adverse Phenotypic Effects in Transgenic Mice" Yan N, Feng H, Sun Y, Xin Y, Zhang H [..] Wei W, Sun Y, Zuo E. Nat Commun. 2023-03-30.
- 2020-05-01 Liu, Joung, Zhangを共同設立者とするBeam Therapeutics、'次世代'CBEsを発表；"Cytosine base editors with minimized unguided DNA and RNA off-target events and high on-target activity"
- 2019-09-03 DNAの一塩基編集ツール (CBE/ABE)のRNA編集抑制の実現と、CBE/ABEの"self-edit"検証；CRISPR DNA base editors with reduced RNA off-target and self-editing activities”
- 2019-06-12 BE3とABE7.10によるRNAオフターゲットSNVs大量発生とその抑制法；"Off-target RNA mutation induced by DNA base editing and its elimination by mutagenesis"
- 2019-05-11 塩基編集ABE (A-to-G)とCBE (C-to-T)のRNAオフターゲット編集を抑制；CRISPR adenine and cytosine base editors with reduced RNA off-target activities.
- 2019-04-19 塩基編集ツールCBE (rAPOBEC1)とABEは、DNAを編集する間に、RNAも編集する；Transcriptome-wide off-target RNA editing induced by CRISPR-guided DNA base editors"
- 【研究成果】AIがDNAを読み解いてミスを防ぐ！ ゲノム編集で起こり得るRNAへの影響を予測する新システムを開発. 広島大学. 2025-05-02. https://www.hiroshima-u.ac.jp/news/90112
- "Risk Prediction of RNA Off-Targets of CRISPR Base Editors in Tissue-Specific Transcriptomes Using Language Models" Nakamae K [..] Bono H. Int J Mol Sci. 2025-02-18. https://doi.org/10.3390/ijms26041723
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