2026-05-11 Genome Biology 誌査読論文としての書誌情報を追記
2025-05-26 bioRxivプレプリントに準拠した初稿
CRISPR 塩基編集ツールは、スケーラブルな標的DNAにおける変異誘発を可能にし、遺伝子機能の解釈、意義不明の変異体の研究、疾患モデル化のための強力なツールである。しかし、塩基編集因子を標的へ効率よくかつ正確に誘導するガイドRNA（gRNA）の設計が課題である。
2025-05-26 bioRxivプレプリントに準拠した初稿
CRISPR 塩基編集ツールは、スケーラブルな標的DNAにおける変異誘発を可能にし、遺伝子機能の解釈、意義不明の変異体の研究、疾患モデル化のための強力なツールである。しかし、塩基編集因子を標的へ効率よくかつ正確に誘導するガイドRNA（gRNA）の設計が課題である。
既存のgRNA設計ツールは、特定のDNA配列を標的とするgRNA、または指定された変異を標的とすることができるgRNA [＊1-4] のいずれかを識別できる。一部のツールはヌクレアーゼ、PAM、および、編集可能ウィンドウの選択に関して柔軟性が限られており、ほとんどのツールは SpCas9 NGG など、現在利用可能な塩基エディターのみに対応している。さらに、gRNA の効果の包括的なアノテーションが欠けている。
こうした課題を解決することを目的に、ウエルカム・サンガー研究所の研究チームは今回 BEstimate を開発した [Figure 1引用右図参照][BEstimateの特徴]
- Cas酵素、塩基エディター、PAMを完全にカスタマイズ
- 参照配列または変異配列用のライブラリを設計
- 変異を元に戻すgRNAの検索
- 機能的、構造的、臨床的影響をアノテーション
- EnsemblおよびUniProtのAPIを介して、リアルタイムでアノテーションなどを取得
[BEstimateのケーススタディー]
- 参照遺伝子配列とモデル特異的遺伝子配列を用いた塩基編集ライブラリの設計
- MYC 塩基編集スクリーンの機能アノテーション
- 鎌状赤血球症を引き起こす変異を修正するためのgRNAの同定
[ソースコード入手先] https://github.com/CansuDincer/BEstimat
[＊] 引用crisp_bio記事
- 2021-03-07 PnB Designer: 動植物ゲノムの塩基編集に利用するPEとBEの設計支援Webアプリケーション.
- CRISPRメモ_2018/09/26 [第1項] 塩基編集 (BE) gRNA設計支援コンピュータワークフロー
- 2020-10-30 SNP CRISPR: SNPsに特異的なゲノム編集に向けたsgRNAs設計.
- 2020-05-28 CBEの弱点バイスタンダー塩基置換を同義置換を介して災い転じて福となし、CBEによるトランスバージョンを実現.
[出典]
- “BEstimate: a computational tool for the design and interpretation of CRISPR base editing experiments" Dinçer C, Fussing B, Garnett MJ, Coelho MA. (bioRxiv. 2025-05-19 preprint). Genome Biology. 2026-04-27. https://doi.org/10.1186/s13059-026-04077-z [著者所属] Wellcome Sanger Institute (Cancer, Ageing and Somatic Mutation; Cellular Informatics)
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