細胞ペインティング（cell painting）画像は細胞の状態に関する貴重な知見を提供し、多くの生物学的応用を可能にするが、公開されているアレイデータセットには、摂動を加えられた遺伝子が数百個しか含まれていない。
JUMP 細胞ペインティング コンソーシアム（JUMPーCell Painting Consortium）は、ヒト U-2 OS 細胞のタンパク質コードゲノムの約 75% に摂動を加え、単一細胞画像と抽出された特徴の豊富な情報資源を構築した。これらのプロファイルは、12,609 個の遺伝子の過剰発現 (オープンリーディングフレームを使用) と 7,975 個の遺伝子のノックアウト (CRISPR-Cas9 を使用) を含む、15,243 個のヒト遺伝子に摂動を加えた場合の表現型への影響を捉えている。
今回は、データ処理オプションを厳密に評価することで技術的アーティファクトを軽減し、データセットの堅牢性と生物学的関連性を検証した。表現型プロファイルの分析により、ミトコンドリア機能、がん、神経プロセスに関連するものなど、これまで発見されていなかった遺伝子クラスターとの機能的関係が明らかになった。
JUMP Cell Painting 遺伝子データセットは、遺伝子の関係を調査し、これまで知られていなかった機能を発見するための貴重な情報資源である。
[注] JUMPーCell Painting Consortium: 10社の製薬会社、6社の支援技術企業、そして2つの非営利団体（Broad Institute of MIT and Harvard, Ksilink）が共同で設立した形態学的プロファイリング共同事業
[情報資源]
- Cell Painting Gallery https://registry.opendata.aws/cellpainting-gallery/
- 可視化環境 https://phenaid.ardigen.com/jumpcpexplorer/
[出典] "Morphological map of under- and overexpression of genes in human cells" Chandrasekaran SN [..] Singhn S, Carpenter AE. Nat Methods. 2025-08-07. https://doi.org/10.1038/s41592-025-02753-9 [所属機関] Broad Institute (米国), Stanford University, Spring Science, Plex Research Inc, Ksilink (フランス), Revvity Discovery Limited (formerly known as Horizon Discovery) (英国), Ardigen S.A (スイス), Evotec SE (ドイツ)
[補足] "JUMP Cell Painting dataset: morphological impact of 136,000 chemical and genetic perturbations" Niranj S [..] Singh S, Carpenter AE. bioRxiv. 2023-03-24. https://doi.org/10.1101/2023.03.23.534023
[補足] "JUMP Cell Painting dataset: morphological impact of 136,000 chemical and genetic perturbations" Niranj S [..] Singh S, Carpenter AE. bioRxiv. 2023-03-24. https://doi.org/10.1101/2023.03.23.534023
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