[出典]
- "DNA nanomapping using CRISPR-Cas9 as a programmable nanoparticle" Mikheikin A, Olsen A, Leslie K, Russell-Pavier F, Yacoot A, Picco L, Payton O, Toor A, Chesney A, Gimzewski JK, Mishra B, Reed J. Nat Commun. 8, Article number: 1665. 21 November 2017.
Cas9を標識用ナノ粒子として利用
- 標的DNAをCas9-sgRNAと混合培養し、ホルムアルデヒドで固定し、磁気ビーズで精製し、マグネシウムイオンで正帯電させた雲母劈開面に吸着させ（Fig.1 -a）、 120 °Cに一旦加熱後冷却することでホルムアルデヒド架橋を外した後、高速-原子間力顕微鏡（HS-AFM）での可視化へ（Fig.2-b）
Cas9ラベリングは高効率で高精度
- BRCA1, HER2およびTERT遺伝子を標的とするsgRNAでの予備実験；サイトあたりのラベリング効率（Cas9-sgRNAのDNA結合効率）はsgRNAの設計に依存するが、最適化により中央値〜90％を達成；Fig. 2-aは、Aluリピートを標的とするsgRNAによるCas9-sgRNAとBRCA1 long-PCRアンプリコン（12,900bp）との複合体のHS-AFMイメージであり、Fig. 2-b, -cがそれぞれ、TERT (680 bp)とHER2 (645 bp) のHS-AFMイメージ
- HF-AFMの測定値とゲノム配列からの予測値がよく一致し（Fig. 3-a参照）また、両端をCas9でラベルした比較実験でアンプリコン間の2bpの違いを検出（Fig 3.-b参照）
BCL2-IGH転座の検出
- DOHH-2細胞株と濾胞性リンパ腫患者のリンパ節バイオプシーにおけるBCL2–IGH転座を精密マッピング（Fig. 4参照）；Cas9ラベリングによって、数十ナノメータの間隔を識別可能
市販のDVD光ピックアップユニット（OPU）の利用
- AFMカンチレバーの試料表面凹凸に応じた振動を検出する系として、FIg. 1-bのレーザードップラー振動計（laser vibrometer）をOUPに換装し（Fig. 5参照）、より低いフレームレート（0.5–1フレーム/秒）でレーザードップラー振動計と同等の品質のデータを獲得可能なことを実証
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