CRISPRメモ_2017/11/24-2（Cas13、微細藻類、ThermoCas9、編集結果判定法、バイオハッカー） : crisp

論文・記事紹介：CRISPR生物学・技術開発・応用 (ゲノム工学, エピゲノム工学, 代謝工学/遺伝子治療, 分子診断/進化, がん, 免疫, 老化, 育種 - 結果的に生物が関わる全分野)；タンパク質工学；情報資源・生物資源；新型コロナウイルスの起源・ワクチン・後遺症；研究公正

[注] 本稿はCRISP_SCIENCEのCRISPR関連2017年11月24日ツイートに準拠しています。

1. [展望]RNA工学ツールキットの拡充：Cas13によるRNA編集

[PERSPECTIVE]"Enhancing the RNA engineering toolkit" YangL, Chen LL. Science. 2017 Nov 24;358(6366):996-997
10月4日Natureオンライン出版"RNA targeting with CRISPR-Cas13"（crisp_bio関連記事）と10月25日Scienceオンライン出版"RNA editing with CRISPR-Cas13"をハイライト；LwaCas13aとPspCas13bの概要を簡明にまとめた図あり

2. [レビュー]微細藻類ゲノム編集の現状と展望

[出典]"Current status and perspectives of genome editing technology for microalgae" Jeon S, Lim JM, Lee HG, Shin SE, Kang NK, Park Y, Oh HM, Jeong WJ, Jeong BR, Chang YK. Biotechnol Biofuels. 2017 Nov 14;10:267.
CRISPR技術による微細藻類ゲノム編集に向けて解決すべき課題：独特な細胞壁と表面構造を超えたCRISPRシステムの送達が困難；外来遺伝物質を転写時および転写後に極めて効率よくサイレンシングする機能を備えている；オフターゲット作用の検証

3. ThermoCas9：熱安定なCas9の同定と特性

[出典]"Characterizing a thermostable Cas9 for bacterial genome editing and silencing" Mougiakos I, Mohanraju P, Bosma EF, Vrouwe V, Finger Bou M, Naduthodi MIS, Gussak A, Brinkman RBL, van Kranenburg R, van der Oost. Nat Commun. 2017 Nov 21;8(1):1647. bioRxiv Posted August 18, 2017.
好熱性バクテリアGeobacillus thermodenitrificans T12由来のCas9（ThermoCas9）はin vitro 20〜70 °Cの温度域で活性を示し、独特のPAMを認識し低温下限ではPAMの完全一致必須条件であり、SpyCas9よりはスペーサーとプロとスペーサーのミスマッチを許容せず、高温での活性がsgRNAの構造に依存する；55 °CでのBacillus smithiiの転写サイレンシングと37 °CでのPseudomonas putidaの遺伝子削除を確認

4. CRISPR/Cas9変異を帯びた種もみを、近赤外ハイパースペクトルイメージングを利用して効率的に判別する法

[出典]"Discrimination of CRISPR/Cas9-induced mutants of rice seeds using near-infrared hyperspectral imaging" Feng X, Peng C, Chen Y, Liu X, Feng X4 He Y. Sci Rep. 2017 Nov 21;7(1):15934.
スペクトルデータから主成分分析（PCA; Figure 2参照)と逐次射影アルゴリズム（successive projections algorithm; SPA）を利用して、野生型と変異型の識別に用いる主波長を選択し、サポートベクターマシン（SVM）とextreme learning machine（ELM）により全波長と主波長を対象とする計量化学分析を行い、SPA-SVMモデルに基づく変異種もみの可視化（Figure 3参照）を実現（ワークフローの全体像；Figure 5参照）