- LinkedOmicsポータルサイトでは（http://www.linkedomics.org/）、大規模かつ多様なデータを統合解析可能にするモジュールを利用可能である：LinkFinder；LinkCompare；LinkInterpreter（Figure 1-B 参照）。
- LinkFinderモジュール（Figure 1-B）: 特定の癌コホートあるいはそのサブセットを対象として、分子データと臨床データの柔軟な探索する。加えて、膨大なデータポイント間の相関を、種々の相関解析法、検定法、多重比較法で解析し結果を可視化；例えば、膀胱癌におけるRB1変異とmRNA発現または乳癌におけるERBB2(Her2)増幅とタンパク質リン酸化の相関；LinkFinderに組込まれた統計検定法、Supplementaru Table 3参照。
- LinkCompareモジュール（Figure 1-D）: LinkFinderで発見した相関群を比較し、散布図、ベン図およびヒートマップで可視化する。例えば、大腸癌コホートにおけるKRAS変異とBRAF変異に相関するタンパク質群の比較、卵巣癌コホートの全生存期間相関遺伝子群をコピー数とプロテオミクス・データで比較；全生存期間相関遺伝子群を異なる癌の間で比較；乳癌コホートにおいて、TWIST1リン酸化とmRNAsの相関を、ER陽性とER陰性のサブセット間で比較。Rパッケージのmetapにより３種類以上の相関群の比較も可能。
- LinkInterpreterモジュール（Figure 1-C）: LinkFinderとLinkCompareで取得した相関群の生物学的アノテーションを可能とする。26,449種類のGO機能カテゴリー、KEGG/Panther/Reactome/WikiPathwaysデータベースのパスウエイ、および、タンパク質間/転写因子と標的/miRNAと標的/キナーゼと標的の相互作用ネットワークへの、マッピング（遺伝子セットエンリッチメント）を組込み（Supplementary Table 4参照）。
- Supplementary Table 3とTable 4
- ５種類のケーススタディーを紹介：
- 膀胱癌コホートにおいて、RB1変異がmRNA発現に及ぼす影響
- 乳癌コホートにおいてERBB2(Her2)増幅がタンパク質リン酸化に与える影響；
- 卵巣癌コホートにおいて、予後不良のタンパク質シグナチャーをマルチオミックスから同定
- TCGA由来死亡例100件以上の12種類の癌コホートを対象とする全生存期間の遺伝子発現シグナチャーの同定；
- 全生存期間の遺伝子発現シグナチャーから、腫瘍の浸潤と悪性度のマーカとしてAPCDD1Lを同定（Figure 6）
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