1.[レビュー]CRISPR/Cas9技術の癌研究と癌療法への応用
  • "CRISPR/Cas9 for cancer research and therapy" Zhan T, Rindtorff N, Betge J, Ebert MP, Boutros M (DKFZ). Semin Cancer Biol. 2018 Apr 16.
  • 多用途なCRISPR/Cas9;sgRNAsの設計とソフトウエア;プール型ライブラリによる標的スクリーン;エンハンサーやncRNAの機能解析;癌モデルオルガノイド作出;CRISPR/Cas9のin vivo送達法;マウスのin vivoゲノム編集と遺伝子スクリーン;臨床応用 (図 Fig. 7とTable 2参照)
targeted deletion of polyglutamine 1 targeted deletion of polyglutamine 2
2.CRISPR/Cas9による脊髄小脳失調症3型患者由来iPSCsのポリグルタミン鎖を削除
  • "CRISPR/Cas9 targeted deletion of polyglutamine in spinocerebellar ataxia type 3 derived induced pluripotent stem cells" Ouyang S, Xie Y, Xiong Z, Yang Y, Xian Y, Ou Z, Song B, Chen Y, Xie Y, Li H, Sun X. Stem Cells Dev. 2018 Apr 17.
  • Spinocerebellar ataxia type 3 (SCA3)患者のiPSCsにおいてataxin-3 (ATXN3)タンパク質内の遺伝子上のCAGトリプレット異常伸長に対応するポリグルタミン鎖をspRNAペアを利用して削除し、iPSCsがその後も多能性を維持し、分化した神経細胞においてATXN3がユビキチンに結合可能なことを確認。
3.ブースティングとマルコフ配列プロファイリングによるsgRNAsの活性回帰モデル構築
  • "CRISPR/Cas9 cleavage efficiency regression through boosting algorithms and Markov sequence profiling" Peng H, Zheng Y, Blumenstein M, Tao D, Li J (U Technology Sydney). Bioinformatics. 2018 Apr 16.
  • モデルを構築する"two-step averaging method (named TSAM) "を開発:第1ステップでXGBoostを利用して、オンターゲットでの活性と活性を左右する因子を推定;第2ステップで、第1ステップで推定した因子とマルコフ配列プロファイリングに基づくSVMモデルを構築;第1ステップと第2ステップからのスコアを平均;回帰モデルから高効率sgRNAsと低効率sgRNAsを判別;CRISPRscanおよびRule Set 2に優る性能;オフターゲット予測は今後開発予定
4.細胞内でssDNAを生成することで、MMEJ過程に依存するノックイン効率向上
  • "Intracellular generation of single-strand template increases the knock-in efficiency by combining CRISPR/Cas9 with AAV" Xiao Q, Min T, Ma S, Hu L, Chen H, Lu D. Mol Genet Genomics 18 April 2018.
  • Cas9によるdsDNA切断のマイクロホモロジー媒介末端結合 (microhomology-mediated end-joining:MMEJ)による修復を亢進することで、外来遺伝子のノックイン効率が向上することが知られている (CRISPR関連文献メモ_2016/12/06 -1参照)。今回、Cas9によるDSBとMMEJによる修復、Cas9によるAAVのITR領域の切断、およびドナーテンプレートssODNのAAV送達、によって、編集効率をこれまでのCRISPR/Cas9 AAV送達法の 13.6–19.5倍までに向上
5.[Correspondence]遺伝的変異が、CIRPS-Cas9に由来するオフターゲット変異の解析を混乱させる
6.NHEJ過程を利用して特定の変異をノックインした細胞株を開発し、臨床分子遺伝学的検査における品質保証資源とする
  • "Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)/CRISPR-Associated Endonuclease Cas9–Mediated Homology-Independent Integration for Generating Quality Control Materials for Clinical Molecular Genetic Testing" Lin G, Zhang K,  Peng R, Han Y,  Xie J, Li J. J Mol Diagn 18 April 2018.
  • ゲノム編集を施したヒト細胞株は、分子遺伝学的検査における品質保証に有用である。目的とする変異を帯びた細胞株を相同組換え修復 (HDR)過程で作出することは非効率であり、また、標的部位に不必要なindelsが発生するリスクを伴う。今回、NHEJ過程を利用して、任意の変異を標的遺伝子座に導入可能とする手法を開発
  • [参考] crisp_bio関連記事 2017/05/06 「非相同末端結合(NHEJ)によって、in vivo で非分裂細胞に外来遺伝子をノックイン」参照