[crisp_bio注] The CRISPR JournalMary Ann Liebert, Inc.が創刊し、2018年4月1日に第1巻第1号が発行され、4月20日に第1回第2号が発行されたところである。掲載論文などの一部は購読者でなくても閲覧可能であるが、オープンジャーナルではない。なお、The CRISPR Journalの編集長はCRISPRで2016年ガードナー国際賞を受賞した一人Rodolphe Barrangouである。今回は 5編を一記事にまとめてみたが、今後、The CRISPR Journal掲載論文の中でオープンアクセスに設定されている論文を中心に順次紹介していきたい。

1.[レビュー]ヒト遺伝変異がCRISPR/Casのオンターゲットおよびオフターゲットに対する作用に与える影響
  • "Impact of Genetic Variation on CRISPR-Cas Targeting" Canver MC, Keith JJ (http://www.jounglab.org/), Luca P. The CRISPR Journal. 1 Apr 2018.
  • ヒト遺伝変異の概要(関連データベース一覧);遺伝変異がCRISPRターゲッティングに及ぼす影響(オンターゲット部位でのgRNA活性への影響;オフターゲット・ランドスケープの変化PAMの消滅/生成/改変);臨床応用上の課題;非ヒトモデル生物における遺伝変異
2.[First Cut]Cas9による切断とDNA修復の結果
  • "[First Cut]Under the Influence: Cas9 Ends and DNA Repair Outcomes" Maria J. The CRISPR Journal. 1 Apr 2018.
  • 出芽酵母においてCas9によるDSBに対するNHEJ修復結果を解析し、NHEJによるDSBの修復の結果Cas9切断部位の5'末端に発生する1-bpのオーバーハングをテンプレートとする1-bp挿入が発生することを明らかにしたPNAS論文(*)を紹介
  • (*) "CRISPR/Cas9 cleavages in budding yeast reveal templated insertions and strand-specific insertion/deletion profiles" Lemos BR [..]  Haber JE. PNAS February 27, 2018. 115 (9) E2040-E2047 (bioRxiv 2017/09/25)
3.高活性標的サイト同定プログラムTUSCANを開発
  • "High Activity Target-Site Identification Using Phenotypic Independent CRISPR-Cas9 Core Functionality" Wilson Laurence OW, Reti D, O'Brien AR, Dunne RA, Bauer DC. The CRISPR Journal 1Apr 2018.
  • 28,606箇所の標的サイトの活性データと機械学習によりCRISPR-Cas9の高精度な活性化予測モデルを開発;7秒で5,000の標的サイトの活性を予測可能
4.[レビュー]数十億年にわたる実験の成果を利用する:前進し続けるCRISPR-Cas免疫システムの探索と活用
  • "Harnessing 'A Billion Years of Experimentation': The Ongoing Exploration and Exploitation of CRISPR–Cas Immune Systems" Klompe SE, Sternberg SH. The CRISPR Journal 1 Apr 2018.
  • 原核生物とファージの軍拡競争;CRISPR-Cas免疫応答のメカニズム;CRISPR-Casの多様性と分類;Type II – Cas9;Type I – Cascade/Cas3; Type III – Csm/Cmr; Type V – Cas12; Type VI – Cas13;Type IV (今後の研究待ち);CRISPR-Casツールボックスの拡充;Base Editing (BE);dCas9;RNAターゲッティング;細胞系譜追跡と記録装置;生化学実験ツールとての利用
5.[First Cut]ゲノム編集の責任ある利用に向けたコミュニティーARRIGE発足パリ会合
  • "[First Cut]ARRIGE Arrives: Toward the Responsible Use of Genome Editing" Montoliu L et al. The CRISPR Journal 1 Apr 2018.
  • [関連crisp_bio記事] CRISPRメモ_2018/03/30 - 1.責任ある遺伝子編集に関心がありますか?それならクラブ'ARRIGE'に参加しましょう