Molecular Biology Institute of BarcelonaのF. Xavier Gomis-Ruth教授、Harvard Medical SchoolのMatthew K. Waldor教授とMin Dong准教授ならびにJohns Hopkins University School of MedicineのCynthia L. Sears教授が共同責任著者となっているNature 誌刊行論文において …
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タグ：マイクロバイオーム
細菌ゲノムから, 機械学習を介して, 大量の抗ウイルスタンパク質を発見 - 制限酵素やCRISPR-Casに続く革新的ツールが生まれるか (2報)
1978年ノーベル生理学・医学賞を受賞した制限酵素と2020年ノーベル化学賞を受賞したCRISPR -Cas9システムはいずれも、微生物がウイルス（ファージ）から身を守る武器に由来する。2025年4月、Nature 誌は「次世代のCRISPRを求めて：戦う微生物が新たな技術を生み出す」と題 …
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タンパク質とゲノム言語モデルを融合することで, 細菌免疫の未解明な多様性を明らかにする
背景 細菌は、極めて多様な抗ウイルス防御システムをコードしており、すでに250種類以上のシステムが実験的に検証され、幅広い分子メカニズムも明らかにされてきた。しかし、今でもin silicoおよび実験的スクリーニングにより、新たなシステムが次々と発見されており、抗フ …
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DefensePredictor：原核生物の免疫系を発見するための機械学習モデル
背景 細菌はファージとの進化的軍拡競争の中で、真核生物の自然免疫系と類似し、時には直接相同な高度な自然免疫系を発達させてきた。これらの原核生物の免疫系の一部は、標的分子に対する特異性が高いことから強力なバイオテクノロジーのツールとして応用されてきた。一方 …
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オーソログ情報と生成AIを介して, コドン最適化に優る種間遺伝子再設計を可能にするAIモデル"OrthologTransformer"を開発
北里大学榊原康文教授を責任著者とするNature Communications 誌刊行論文で、オーソログ（Ortholog）情報を学習する生成AI「OrthologTransformer」が紹介されている。[詳細] 異種遺伝子発現に対する従来のアプローチはコドン最適化に依存しているが、これは同義コドンの交 …
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