ブログ名のcrisp_bioは，crispとCRISPRに由来し，CRISPR技術の開発と応用について多数投稿し，時折，データベース，マイクロバイオーム，タンパク質，リキッドバイオプシーなどの観点から投稿するに至った．2020年3月からはそれに，SARS-CoV-2/COVID-19に関する投稿が加わり，まだ収束していない．ブログアイコンはサンガー研究所やEMBL-EBIがある英国ウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内のモニュメントの一つ．菅原秀明 (理研 -> DDBJ/遺伝研 -> アマチュア)

ハイブリダイゼーションと近接依存性標識を融合したHyPro標識法を開発し，核内 RNAコンパートメントにおけるインタラクトーム解析に応用

2021年11月14日

[注] ハイブリダイゼーション-近接依存性標識 (Hybridization-proximity labeling, HyPro標識法) [出典] "Hybridization-proximity labeling reveals spatially ordered interactions of nuclear RNA compartments" Yap K, Chung TH, Makeyev EV. Mol Cell. 2021-11-05. h ... もっと読む

CellFIE: CRISPRと細胞融合を利用した内在性タンパク質のツーハイブリット相互作用マッピング

2021年10月19日

[出典] "CellFIE: CRISPR- and cell fusion-based two-hybrid interaction mapping of endogenous proteins" Secker C, Kostova S [..] Trepte P, Wanker EE. J Mol Biol. 2021-10-13. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2021.167305; Graphical abstract https://ars.els-cdn. ... もっと読む

[展望] PPIネットワークから癌のドライバーを同定する

2021年10月02日

[出典] PERSPECTIVE "Identifying cancer drivers" Cheng R, Jackson PK. Science. 2021-10-01. https://doi.org/10.1126/science.abl9080　包括的なタンパク質間相互作用 (protein-protein interaction, PPI)ネットワークを把握することで，「パスウエイが正常細胞でどの ... もっと読む

CRISPRをベースとするペプチドライブラリー・ディスプレイとDNAマイクロアレイの融合による定量的タンパク質結合迅速アッセイ

2021年08月19日

[出典] "CRISPR-based peptide library display and programmable microarray self-assembly for rapid quantitative protein binding assays" Barber KW, Shrock E, Elledge SJ. Mol Cell. 2021-08-13. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.07.027; Graphical Abstract h ... もっと読む

PROPER-seq: タンパク質間相互作用をシーケンシングを介してハイスループットで同定する

2021年08月09日

PROPER-seq: protein-protein interaction sequencing[出典] "Revealing protein-protein interactions at the transcriptome scale by sequencing" Johnson KL, Qi Z [..] Zhong S. Mol Cell. 2021-08-03. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.07.006　UCSDを主とする研 ... もっと読む