CRISPR-Cas12aは、ゲノム編集や分子診断（CRISPR Dx）に広く用いられているコンパクトなRNA誘導型ヌクレアーゼであるが、シス切断効率の低さや、トランス切断の挙動の解明が不十分なため、その幅広い応用が制約されているところがある。 これらの制約を克服するため、華中 …
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タグ：構造予測
RFdiffusion3を用いた全原子生体分子相互作用のde novo設計蛋白質工学
[注] 2025年12月3日に、RFdiffusion2を用いた酵素設計の査読済み論文がNature Methods 誌から出版されている [＊]。RFdiffusion2では原子とアミノ酸残基のハイブリッドアプローチを実装されており、個々の原子を設計対象の基本単位として扱うRFdission3は、RFdiffusion2の上 …
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RFdiffusion2を用いた原子レベルの酵素活性部位スキャフォールド構築
新規酵素の設計は、通常、反応遷移状態周辺の触媒官能基の理想的な配置から始まり、次にこれらの官能基を正確に配置するスキャフォールド（足場）になるタンパク質構造を生成しようと試みる。現在のAIベースの手法でも活性酵素の設計は可能であるが、残基位置を事前に定義 …
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![[20250606更新] NovaIscB: 生体内での持続的エピゲノム編集を実現する進化系IscB](https://livedoor.blogimg.jp/crisp_bio/imgs/d/9/d96a7f35-s.png)
[20250606更新] NovaIscB: 生体内での持続的エピゲノム編集を実現する進化系IscB
2025-06-06 Nature Biotechnology 誌のNews & Views記事で取り上げられた："Resurrecting a miniature Cas9 ancestor for genome and epigenome editing" Butterfield GL & Gersbach CA. Nat Biotechnol. 2025-06-03. https://doi.org/10.1038/s41587-025-02707-8 [著者所 …
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AlphaFold3はRNAの構造予測も制覇したのか？
RNAの3次元構造を予測することは、生体高分子の構造予測の進歩が続いているにもかかわらず、依然として課題である。タンパク質の構造予測を革新したAlphaFoldも、RNA構造予測への展開は遅れていた。その中で、AlphaFoldの最新リリースであるAlphaFold3は、DNA、リガンド、R …
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