CRISPR-Casシステムはゲノム編集や病原体検出に革命をもたらしたが、その活性を目的に応じて然るべく制御する技術が求められている。その中で、CRISPR-Cas活性を制御するファージ由来の阻害剤である天然の抗CRISPRタンパク質（Acrs）が注目を集めている。しかしながら、2つ …
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タグ：機械学習・AI
カンジダ・アウリスおよび耐性変異の定量化のためのデジタルCRISPR診断
真菌性病原体であるカンジダ・アウリス（Candida auris）は、国内では2009年に初めて感染が報告され、非侵襲性株が主体であったが、近年、インド・南米・アフリカ・米国など多くの国で国内株とは遺伝子型が異なる多剤耐性で重篤な感染症を引き起こす恐れのある株（以下、海 …
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真核生物由来のRNA誘導性DNAヌクレアーゼFanzor2とωRNAを, AlphaFold3とEVOLVEproを介して, "使える"ゲノム・エディターへと進化させた
真核生物由来のFanzorタンパク質は、コンパクトでプログラム可能なRNA誘導ヌクレアーゼであり、ゲノム編集に大きな可能性を秘めている。しかしながら、哺乳類細胞における効率は最適化されるに至っていない。西北農林科技大学を主とする中国の研究チームは今回、代表的なFa …
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CRISPR-Cas9ベースのエピゲノム編集の効果を予測する
エピジェネティック制御によって哺乳類の転写が調節される機構の解明に向けて、カリフォルニア大学バークレー校、ライス大学、および スタンフォード大学の研究チームは今回、13種類のENCODE細胞から得られたエピゲノムおよびトランスクリプトームデータを用いて機械学習モ …
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ADAR-GTP: ADAR酵素による'A-to-I' RNA編集を正確に予測するAIモデル
ADAR酵素によるアデノシンからイノシン（A-to-I）へのRNA編集は、転写産物の運命を決定し、新たなRNA編集治療戦略の基盤となっている。しかし、どのアデノシンが編集されるかを予測することは、ADARのターゲッティング・ルールが複雑なことから、依然として困難である。イ …
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