[*] CAST (CRISPR-associated transposon / CRISPR関連トランスポゾン) バキュロウイルスは、巨大な二本鎖DNA昆虫ウイルス(≈134 kb)であり、昆虫細胞における異種多タンパク質複合体の高レベル発現 やワクチン産生に広く利用されている。バキュロウイルスはまた、HEK293 …
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タグ:蛋白質工学
CasMiner:ハイスループットマイニングと効率的なCas9の合理的設計のためのディープラーニングツール
CRISPR-Casシステム、特にCas9は、その誕生以来、ライフサイエンス分野への応用において計り知れない可能性を示してきた。しかし、さらなるCas9ツールキットの拡張は、配列アライメントに基づくマイニングと最適化戦略によって制約されている。中国農業科学院の動物科学研 …
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[20260204更新] CRISPR-Casの制約要件PAMをタンパク質言語モデルでカスタマイズ可能にするする"Protein2PAM"登場
2026-02-04 Nature Biotechnology 誌刊行論文としての書誌情報へと改訂し、ブログ記事タイトルも改訂 [(旧)膨大な進化データを介した深層学習によるCRISPR-CasのPAM工学 -->(新) CRISPR-Casの制約要件PAMをタンパク質言語モデルでカスタマイズする"Protein2PAM"登場]2025-01 …
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AIを利用して, CRISPR-Cas13に対する強力な抗CRISPR (Acr) タンパク質をde novo設計
CRISPR-Casシステムはゲノム編集や病原体検出に革命をもたらしたが、その活性を目的に応じて然るべく制御する技術が求められている。その中で、CRISPR-Cas活性を制御するファージ由来の阻害剤である天然の抗CRISPRタンパク質(Acrs)が注目を集めている。しかしながら、2つ …
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RFdiffusion3を用いた全原子生体分子相互作用のde novo設計蛋白質工学
[注] 2025年12月3日に、RFdiffusion2を用いた酵素設計の査読済み論文がNature Methods 誌から出版されている [*]。RFdiffusion2では原子とアミノ酸残基のハイブリッドアプローチを実装されており、個々の原子を設計対象の基本単位として扱うRFdission3は、RFdiffusion2の上 …
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