crisp_bio

crisp_bioはCRISPRのオーラも念頭においた命名でしたが,2021年からは専ら,CRISPR技術の開発と応用ならびにSRAS-CoV-2/COVID-19に関する投稿になってしまいました.データベース,生物資源センター,マイクロバイオーム,タンパク質デザインを取り上げたいと思いつつ.

タグ:遺伝子間相互作用

[出典] "A genome-wide atlas of co-essential modules assigns function to uncharacterized genes" Wainberg M, Kamber RA, Balsubramani A [..] Bassik MC, Kundaje A. (bioRxiv 2019-11-01). Nat Genet. 2021-04-15. https://doi.org/10.1038/s41588-021-00840-z  Stanf ... もっと読む

[出典] "Exploring genetic interaction manifolds constructed from rich single-cell phenotypes" Norman TM, Horlbeck MA [..] Gilbert LA, Weissman JS. Science. 2019-08-08. bioRxiv 2019-04-07背景多細胞生物を構成する細胞の多様性は、遺伝子の多さにではなく驚くほ ... もっと読む

[出典]Deep Mutational Scanning: Perspective "Deep mutational scanning: a new style of protein science" Fowler DM, Fields S. Nat Methods 2014 Aug;11(8):801-7.News & Views: "Mutagenesis-based protein structure determination" Chiasson M, Fowler DM. Nat Ge ... もっと読む

1. GEMINI: 変分法的ベイズ推定法に基づいて、プール型CRISPRコンビナトリアル・スクリーンから遺伝子間相互作用を再構成するアルゴリズム[出典] "GEMINI: a variational Bayesian approach to identify genetic interactions from combinatorial CRISPR screens" Zamanighom ... もっと読む

1. 深層ニューラルネットワークモデルSeqCrisprを開発し、sgRNAの活性はsgRNAの配列に加えて標的遺伝子の遺伝子間相互作用のコンテクストにも依存することを同定[出典] "Identifying Context-specific Network Features for CRISPR-Cas9 Targeting Efficiency Using Accurate ... もっと読む

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